今天安装了Miniconda

今天安装了Miniconda

装在了/home/bio12/biosoft里面

查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda list

微信图片_20210523161353.png

搜索conda软件

conda search fastqc

(以数据质控软件fastqc为例)

设置镜像

-conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
-conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
-conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
-conda config --set show_channel_urls yes

安装软件

conda install fastqc -y

-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes

卸载软件

conda remove fastqc -y

查看当前conda有哪些环境

conda info --envs

建立新环境

conda create -n rna-seq
conda install python=3 fastqc trimmomatic -y

建立一个名叫rnaseq的conda环境
指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）

激活新的conda环境

conda activate rna-seq

这时默认的*就会转移到rna-seq前面；另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;接着，输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（了解一下：其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看，虽然，，并不需要仔细看，就是给你提供下安全感而已。）
如果要退出当前环境，就运行：

conda deactivate