pandas处理缺失数据

其实数据分析中80%的时间都是在数据清理部分,loading, clearning, transforming, rearranging。而pandas非常适合用来执行这些任务。

Handling Missing Data

在pandas中,missing data呈现的方式有些缺点的,但对大部分用户能起到足够的效果。对于数值型数据,pandas用浮点值Nan(Not a Number)来表示缺失值。我们称之为识别符(sentinel value),这种值能被轻易检测到:

import pandas as pd
import numpy as np

string_data = pd.Series(['aardvark', 'artichoke', np.nan, 'avocado'])
string_data

-----------------------------------------
0     aardvark
1    artichoke
2          NaN
3      avocado
dtype: object
string_data.isnull()
-------------------------------------------
0    False
1    False
2     True
3    False
dtype: bool

在pandas中,我们使用了R语言中的一些传统,把缺失值表示为NA(not available)。在统计应用里,NA数据别是要么是数据不存在,要么是存在但不能被检测到。做数据清理的时候,对缺失值做分析是很重要的,我们要确定是否是数据收集的问题,或者缺失值是否会带来潜在的偏见。

内建的Python None值也被当做NA:

string_data[0] = None
string_data.isnull()
-----------------------------------------------
0     True
1    False
2     True
3    False
dtype: bool

这里有一些用来处理缺失值的函数:

  1. Filtering Out Missing Data(过滤缺失值)
    有一些方法来过滤缺失值。可以使用pandas.isnull和boolean indexing, 配合使用dropna。对于series,只会返回non-null数据和index values:
from numpy import nan as NA
data = pd.Series([1, NA, 3.5, NA, 7])
data.dropna()
-----------------------------------------------
0    1.0
2    3.5
4    7.0
dtype: float64

上面的等同于:

data[data.notnull()]
-----------------------------------------------
0    1.0
2    3.5
4    7.0
dtype: float64

对于DataFrame,会复杂一些。你可能想要删除包含有NA的row和column。dropna默认会删除包含有缺失值的row:

data = pd.DataFrame([[1., 6.5, 3.], [1., NA, NA],
                     [NA, NA, NA], [NA, 6.5, 3.]])
data
-----------------------------------------------
    0   1   2
0   1.0 6.5 3.0
1   1.0 NaN NaN
2   NaN NaN NaN
3   NaN 6.5 3.0
cleaned = data.dropna()
cleaned

-------------------------------------------------

     0  1   2
0   1.0 6.5 3.0

设定how=all只会删除那些全是NA的行:

data.dropna(how='all')
--------------------------------------------------
    0   1   2
0   1.0 6.5 3.0
1   1.0 NaN NaN
3   NaN 6.5 3.0

删除列也一样,设置axis=1:

data[4] = NA
data
----------------------------------------------------

    0   1   2   4
0   1.0 6.5 3.0 NaN
1   1.0 NaN NaN NaN
2   NaN NaN NaN NaN
3   NaN 6.5 3.0 NaN
data.dropna(axis=1, how='all')
------------------------------------------------------

    0   1   2
0   1.0 6.5 3.0
1   1.0 NaN NaN
2   NaN NaN NaN
3   NaN 6.5 3.0

一种删除DataFrame row的相关应用是是time series data。假设你想要保留有特定数字的观测结果,可以使用thresh参数:

df = pd.DataFrame(np.random.randn(7, 3))
df
-------------------------------------------------------
        0           1           2
0   -0.986575   0.487466    -0.251823
1   2.008704    -0.177133   1.827761
2   2.240856    -0.587865   0.273062
3   0.777182    -0.629568   -0.220044
4   0.327522    0.781662    -0.651949
5   1.454611    -0.170581   -1.740959
6   -0.711897   0.074983    1.343807

df.iloc[:4, 1] = NA
df
------------------------------------------------------
        0         1           2
0   -0.986575   NaN         -0.251823
1   2.008704    NaN         1.827761
2   2.240856    NaN         0.273062
3   0.777182    NaN         -0.220044
4   0.327522    0.781662    -0.651949
5   1.454611    -0.170581   -1.740959
6   -0.711897   0.074983    1.343807
df.iloc[:2, 2] = NA
df
------------------------------------------------------
      0         1           2
0   -0.986575   NaN         NaN
1   2.008704    NaN         NaN
2   2.240856    NaN         0.273062
3   0.777182    NaN         -0.220044
4   0.327522    0.781662    -0.651949
5   1.454611    -0.170581   -1.740959
6   -0.711897   0.074983    1.343807
df.dropna()
------------------------------------------------------
       0         1              2
4   0.327522    0.781662    -0.651949
5   1.454611    -0.170581   -1.740959
6   -0.711897   0.074983    1.343807

df.dropna(thresh=2) 
------------------------------------------------------
        0       1             2
2   2.240856    NaN         0.273062
3   0.777182    NaN         -0.220044
4   0.327522    0.781662    -0.651949
5   1.454611    -0.170581   -1.740959
6   -0.711897   0.074983    1.343807
  1. Filling In Missing Data(填补缺失值)
    不是删除缺失值,而是用一些数字填补。对于大部分目的,fillna是可以用的。调用fillna的时候设置好一个常用用来替换缺失值:
df.fillna(0)
------------------------------------------------------
    0           1             2
0   -0.986575   0.000000    0.000000
1   2.008704    0.000000    0.000000
2   2.240856    0.000000    0.273062
3   0.777182    0.000000    -0.220044
4   0.327522    0.781662    -0.651949
5   1.454611    -0.170581   -1.740959
6   -0.711897   0.074983    1.343807

给fillna传入一个dict,可以给不同列替换不同的值:

df.fillna({1: 0.5, 2: 0})
------------------------------------------------------
    0             1             2
0   -0.986575   0.500000    0.000000
1   2.008704    0.500000    0.000000
2   2.240856    0.500000    0.273062
3   0.777182    0.500000    -0.220044
4   0.327522    0.781662    -0.651949
5   1.454611    -0.170581   -1.740959
6   -0.711897   0.074983    1.343807

fillna返回一个新对象,但你可以使用in-place来直接更改原有的数据:

_ = df.fillna(0, inplace=True)
df
------------------------------------------------------

        0           1         2
0   -0.986575   0.000000    0.000000
1   2.008704    0.000000    0.000000
2   2.240856    0.000000    0.273062
3   0.777182    0.000000    -0.220044
4   0.327522    0.781662    -0.651949
5   1.454611    -0.170581   -1.740959
6   -0.711897   0.074983    1.343807

在使用fillna的时候,这种插入法同样能用于reindexing:

df = pd.DataFrame(np.random.randn(6, 3))
df
------------------------------------------------------

      0         1            2
0   -1.151508   1.185176    -1.766933
1   0.544729    -0.807814   0.696087
2   -1.461950   0.448852    0.189045
3   0.559766    0.341335    1.469807
4   -0.362789   1.117338    -0.383870
5   -0.452329   -0.282040   -0.541759
df.iloc[2:, 1] = NA
df
------------------------------------------------------
      0         1               2
0   -1.151508   1.185176    -1.766933
1   0.544729    -0.807814   0.696087
2   -1.461950   NaN         0.189045
3   0.559766    NaN         1.469807
4   -0.362789   NaN         -0.383870
5   -0.452329   NaN         -0.541759

df.iloc[4:, 2] = NA
df

------------------------------------------------------
      0         1               2
0   -1.151508   1.185176    -1.766933
1   0.544729    -0.807814   0.696087
2   -1.461950   NaN         0.189045
3   0.559766    NaN         1.469807
4   -0.362789   NaN         NaN
5   -0.452329   NaN         NaN
df.fillna(method='ffill')

------------------------------------------------------
      0         1               2
0   -1.151508   1.185176    -1.766933
1   0.544729    -0.807814   0.696087
2   -1.461950   -0.807814   0.189045
3   0.559766    -0.807814   1.469807
4   -0.362789   -0.807814   1.469807
5   -0.452329   -0.807814   1.469807
df.fillna(method='ffill', limit=2)

------------------------------------------------------
      0         1               2
0   -1.151508   1.185176    -1.766933
1   0.544729    -0.807814   0.696087
2   -1.461950   -0.807814   0.189045
3   0.559766    -0.807814   1.469807
4   -0.362789   NaN         1.469807
5   -0.452329   NaN         1.469807

使用fillna可以我们做一些颇有创造力的事情。比如,可以传入一个series的平均值或中位数:

data = pd.Series([1., NA, 3.5, NA, 7])
data.fillna(data.mean())

0    1.000000
1    3.833333
2    3.500000
3    3.833333
4    7.000000
dtype: float64

下面是fillna的一些参数:
DataFrame.fillna(value=None, method=None, axis=None, inplace=False, limit=None, downcast=None, **kwargs)

功能:使用指定的方法填充NA / NaN值

参数:value : 变量, 字典, Series, or DataFrame
用于填充缺失值(例如0),或者指定为每个索引(对于Series)或列(对于DataFrame)使用哪个字典/Serise/DataFrame的值。(不在字典/Series/DataFrame中的值不会被填充)这个值不能是一个列表。

method : {‘backfill’, ‘bfill’, ‘pad’, ‘ffill’, None}, 默认值 None ; 在Series中使用方法填充空白(‘backfill’, ‘bfill’向前填充,‘pad’, ‘ffill’向后填充)

axis : {0 or ‘index’, 1 or ‘columns’}

inplace : boolean, 默认值 False。如果为Ture,在原地填满。注意:这将修改次对象上的任何其他视图(例如,DataFrame中的列的无复制贴片)

limit : int, 默认值 None; 如果指定了方法,则这是连续的NaN值的前向/后向填充的最大数量。 换句话说,如果连续NaN数量超过这个数字,它将只被部分填充。 如果未指定方法,则这是沿着整个轴的最大数量,其中NaN将被填充。 如果不是无,则必须大于0。

downcast : dict, 默认是 None; 如果可能的话,把 item->dtype 的字典将尝试向下转换为适当的相等类型的字符串(例如,如果可能的话,从float64到int64)

返回:被充满的DataFrame

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