软件安装配置系列（四）——R包的使用

上次我们讲了软件安装配置系列（三）——Rstudio配置
我们下载Rstudio以及R是怎样实现那么多各种各样的操作的呢？仅靠它们自身是不可能做到的，它们必须借助它强大的小帮手——包。

什么是包

包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。计算机上存储包的目录称为库（library）。函数.libPaths()能够显示库所在的置， 函数library()则可以显示库中有哪些包。包提供了横跨各种领域、数量惊人的新功能，包括分析地理数据、处理蛋白质质谱，甚至是心理测验分析的功能。
R自带了一系列默认包（包括base、datasets、utils、grDevices、graphics、stats以及methods），它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。其他包可通过下载来进行安装。安装好以后，它们必须被载入到会话中才能使用。命令search()可以告诉你哪些包已加载并可使用。

> .libPaths()

通过上面的代码，我们可以查看R包的安装路径。显示如下：

[1] "C:/Program Files/R/R-3.5.1/library"

在Rstudio中，我们也可以点击绘图帮助窗口中的packages，然后将光标移动到System Library上，也可以看到包的安装路径。

包的安装路径

那到底R有多少可以用的包呢？这里我们可以通过以下代码查看:

> a <- available.packages()
> dim(a)

显示结果为：

[1] 12960 17

可以看出，目前官网、镜像网站中拥有12960个可用的包。当然谁都可以根据自己的需要来改进、编写一个包，所以还有很多包并没有被官网收录。

包的安装

包的安装通常用以下三种方式：

• 代码直接安装

以gclus包为例

> install.packages("gclus")

就可以直接安装了，显示如下就表示安装完毕

Installing package into ‘C:/Users/FX/Documents/R/win-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5/gclus_1.3.1.zip'
Content type 'application/zip' length 118281 bytes (115 KB)
downloaded 115 KB
package ‘gclus’ successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in
C:\Users\FX\AppData\Local\Temp\RtmpUHu20l\downloaded_packages

• 手动安装
  
  手动安装包
  
  按照上面的操作结束后，可以看到以下结果
  
  手动安装结果
  
  我们发现在左边的交互式窗口中出现的代码及结果和直接用代码安装时一样的。而在右边packages中多出了一个User Library，此目录下便有我们刚刚安装的包，以后我们安装的包也在此目录下。
• 网页下载安装
  除了上面安装包的方法，我们也可以在https://cran.r-project.org/web/packages上搜受、下载自己需要的包，然后将解压后的文件夹放在上面讲到的R包的安装目录中即可。
  网页下载安装

包的应用

• 包的加载
  其实我们安装包就跟现实生活中，我们买了很多包一样，并不是每次出门都把所有的包都背上，要根据不同场合选择。R语言中也一样，我们只需要把我们需要的包拿出来用即可。这个时候就需要library()进行加载。以gclus包为例
  
  加载包
  
  我们可以按照第一种方式输入代码加载包，也可以点击鼠标选择右边的包进行加载，两者效果时一样的。
• 包的应用
  当我们高高兴兴安装、加载了一个包，但发现并不知道怎么使用，这个时候我们需要帮助help，以help函数为例

> help()

可以在绘图帮助窗口看到help函数的帮助文件，此时我们可以点击②出把文件用另外的窗口打开，便于阅读

帮助

打开帮助窗口，我们在User中可以看到此函数的基本格式，哪些参数是可以省略的，哪些参数是必不可少的。下面的Arguments对各参数进行详细的说明

帮助窗口一

在帮助文件的末尾的Examples中有该函数的例子，可以粘贴到Rstudio中运行。相信通过帮助文件开头的解释和末尾的例子，你一定能掌握该函数或者该包的应用。

帮助窗口二

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到这里，R学习的准备工作就算做完了，接下我会给大家分享R学习的更多专题。

系列回顾：
软件安装配置系列（一）——R软件安装
软件安装配置系列（二）——Rstudio安装
软件安装配置系列（三）——Rstudio配置