hd5文件的相关操作以及在python中的读写

一、介绍

• Hierarchical Data Format Version 5, HDF5： 层次性数据格式第五版

  • 是一种存储相同类型数值的大数组的机制，适用于可被层次性组织且数据集需要被元数据标记的数据模型
  • 常用的接口模块为 h5py

• HDF5 三大要素：

  • hdf5 files： 能够存储两类数据对象 dataset 和 group 的容器，其操作类似 python 标准的文件操作；File 实例对象本身就是一个组，以 / 为名，是遍历文件的入口
  • dataset(array-like)： 可类比为 Numpy 数组，每个数据集都有一个名字（name）、形状（shape） 和类型（dtype），支持切片操作
  • group(folder-like)： 可以类比为 字典，它是一种像文件夹一样的容器；group 中可以存放 dataset 或者其他的 group，键就是组成员的名称，值就是组成员对象本身(组或者数据集)

二、打开工具

直接用记事本打开hdf5文件的话，是一团乱码。HDFView是用来查看hdf5文件的软件，可以免费使用，好多人都有闪退的情况，这是因为没有添加环境变量。

HDF5 数据可视化工具 HDFView：

• 支持全平台，可查看数据的细节
• 注意： 打开路径中不要包含中文
• 下载链接：HDFView官方网站下载
• 选择自己需要的版本，点击Download
•  选择自己需要的版本，Win10系统64位选择下面这个版本，点击Download
• 下载好压缩包后，解压，打开文件夹，点击exe文件开始安装
• 然后一路next，选择安装路径，等待安装结束。
• 添加环境变量：不添加环境变量就会闪退，所以这一步是必要的。
• 找到bin的本地路径并添加进path变量
• 然后一路确定即可

 三、查看HDF文件

1.点击exe可执行文件打开软件。

 

2.点击file->open打开HDF文件

3.然后就可以查看数据了。

四、Python中打开

# -*- coding: utf-8 -*-

import h5py
import numpy as np

#HDF5的写入：
imgData = np.zeros((2,4))
f = h5py.File('HDF5_FILE.h5','w')   #创建一个h5文件，文件指针是f
f['data'] = imgData                 #将数据写入文件的主键data下面
f['labels'] = np.array([1,2,3,4,5])            #将数据写入文件的主键labels下面
f.close()                           #关闭文件

#HDF5的读取：
f = h5py.File('I://AMSR//AMSR_U2_L3_SeaIce12km_B04_20171230.he5','r')   #打开h5文件
# 可以查看所有的主键
motion = f['motion']
x = motion
print(x)
print()
for key in f.keys():
    print(f[key])