技术方法-全长转录组_Nature Communication

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序号：2020-129

编者按：

单细胞测序与三代测序的巧妙结合，有望在单细胞水平上获得全长转录本序列，以及剪切和序列异质性的信息！

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高通量纠错纳米孔单细胞转录组测序

【文献类别】技术方法-全长转录组

【发表期刊】Nature Communication

【影响因子】 12.1

【发表时间】2020-08-12

【PMID】32788667

【文章摘要】基于微液滴的高通量单细胞测序技术极大地提高了人们对细胞间异质性的认识。然而，这些技术只允许读取转录本末端的一个极短的序列，结果中丢失了序列剪切和异质性的信息。为了克服此限制。最近引入了几种长片段测序的方法。然而，这些技术受到测序深度低和独特分子标识符（UMI）缺乏或分配不准确的限制，这对于消除PCR偏差和人为误差至关重要。因此研究人员发明了ScNaUmi-seq，该方法将Oxford Nanopore 纳米孔测序的高通量与准确的细胞条形码和UMI分配策略结合在一起。UMI引导的纠错功能可在高测序深度下通过10x Genomics单细胞分离系统生成高精度的全长序列信息。研究人员用这一方法分析了胚胎小鼠脑中的转录本亚型多样性，并显示ScNaUmi-seq能够在单细胞水平上定义剪接和SNV（RNA编辑）。

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