[R][DiffBind]用Diffbind做RNA-seq差异分析问题记录（持续更新）

官方sample

1.

Loading sample sheet...
BT4741 BT474 ER Resistant Full-Media 1 bed
Error in if (file.info(peaks)$size > 0) { : 
missing value where TRUE/FALSE needed

文件缺失，检查工作目录下peaks/reads文件夹是否存在（我也不知道为什么它会自己删掉）

实操

1.

 Responsive Mock 1 bed
Error in if (file.info(peaks)$size > 0) { : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

1)文件无法对应，检查工作目录下peaks文件夹里文件与csv peaks一列是否为一一对应

2)无法找到文件位置，用这个来检查

（samles是我的被读取的csv文件）

file.info(samples$Peaks)

3）文件本身出问题了

我本人就是按照tamoxifen样板叫学姐吧broadpeak文件压到peak里面结果文件无法读取（摊）

2.

dba.contrast这一步出现的问题

Warning message: No contrasts added. There must be at least two sample groups with at least three replicates.

这是找不到对照，检查你代码和csv文件

dbObj_contrast <- dba.contrast(dbObj_count, contrast=c("Condition","WT_M","KO_M"))

dba.contrast（对象，contrast=c("列名”，“对照1”，“对照2”））

3.

dba.contrast这一步出现的问题

Computing results names...
Error in DESeq2::estimateDispersionsGeneEst(res, quiet = TRUE, maxit = 10) : 
  the number of samples and the number of model coefficients are equal,
  i.e., there are no replicates to estimate the dispersion.
  use an alternate design formula

这里是因为我一个对照只设置了一个样本，然后搜了搜目前还没有特别好的解决方法

 所以就把原先合并的文件给换成合并前的几个文件了

4.

Error: DESeq2 analysis has not been run for this contrast

这里是因为DESeq2因为某种原因没有跑，我是偷懒想在一个文件里面弄多组对照所以出现了这个问题，可以通过查看dbObj来看看是否运行了DESeq2

 样板文件里面有这个↑而我的没有