如何将Seurat聚类结果导入到Loupe Browser

作者：尧小飞
审稿：童蒙
编辑：angelica

目的

10xGenomics官方软件Cellranger的分析没有对结果进行过滤，以及不能同其他分析无缝对接，需要再次分析。而Seurat作为使用最广泛的单细胞转录组分析软件，可以对数据进行各种质控以及下游分析。

然而其官方可视化软件Loupe Browser对于没有R语言基础的老师来说，是十分方便的分析工具。但由于Seurat结果与Cellranger结果并不统一，这对没有R基础的老师来说又十分不便。

因此，将Seurat降维聚类分群的结果导入到Loupe Browser是十分必要的，这将大大地便于老师自己对其结果进行分析以及调整。此文档就是解决这个问题，实现可视化。

坐标轴结果导入

01 文件准备

Seurat分析结束以后，将其聚类结果输出。其聚类结果表示每个细胞属于哪一个亚群，通常在Seurat对象中的[email protected]矩阵中，write.csv([email protected],file=clusterResult,quote=F)输出。
如果老师没有R基础的话，一般测序公司都会提供相应的文件，其文件格式如下图所示：

02 文件说明

这个文件有三列，文件是以英文符号【,】进行分割成csv文件。

• 第一列为细胞barcode的
• 第二列和第三列分布为降维后的tSNE_1和tSNE_2坐标，如果是umap降维，则为tUMAP_1和tUMAP_2坐标

03 结果导入

利用Loupe Browser打开该样品的loupe文件，一般cellranger会输出此文件。

点击【Projection】---【Import Projection】,然后导入之前准备的坐标轴文件。这里我使用的文件名称为【样品名称_tsne_gene.csv】

就会发现这个图形发生了变化，变得与Seurat的结果图形完全一致。导入后结果如下：

上图为导入后Loupe Browser结果

上图为Seurat分析的结果图

通过结果发现，其形状完全一致，因此到这里，Seurat的坐标轴结果导入完成。

聚类结果导入

01 文件准备

下一步将导入聚类结果，聚类结果的导入与坐标轴结果类似，在分析Seurat结果对象中的矩阵中，通常在Seurat对象中的[email protected]矩阵中，write.csv([email protected],file=clusterResult,quote=F)输出，其文件格式如下图所示：

02 文件说明

这个文件有两列：

• 第一列为细胞barcode的，
• 第二列为细胞亚群的名称，文件是以英文符号【,】进行分割从csv文件。

03 结果导入

1. 利用Loupe Browser打开该样品的loupe文件

2. 点击【Categories】--【Import Categories】

然后导入此文件，这里我使用的文件名称为【样品名称_cell_cluster.csv】，然后就会发现这个聚类发生了变化，变得与Seurat的结果聚类完全一致。导入后结果如下：

上图为导入后Loupe Browser结果

上图为Seurat分析的结果图

通过结果发现，其聚类颜色完全一致，因此到这里，Seurat的聚类结果导入完成。

注意事项

1. 文件格式：均是csv文件，列与列之间都是通过英文符号【,】分割。

2. Seurat分析结果的barcode格式，这里都是用的barcode-1格式。如果不是这种格式，可能会报错，也就是说在Seurat分析的时候，不能随便修改格式。

3. 如果是多样品，需要将多个样品通过Cellranger aggr合并以后才可以，Seurat不能直接导出loupe文件。

4. Seurat的结果一般来说其细胞数会少于Cellranger的细胞数。