学习小组day3笔记—东枚

今天学习的内容是在linux环境下安装软件。

了解conda

conda——linux的应用商店

conda是啥

简单说就是应用很广的软件包管理器，我们下载conda的精华版miniconda就好。

下载miniconda

1. 浏览器搜索“miniconda清华”（清华的conda镜像网站），进去看到好多版本
2. 在xshell中输入命令uname -a，查看服务器是多少位的
3. 在镜像网站找到最新版本的
4. 右键，复制链接地址（miniconda的链接地址）

• 登录服务器
• 新建空目录mkdir biosoft
• 进入biosoftcd biosoft
• 用到wget命令wegt https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh（就是wget 后加刚复制的链接地址。注意对于Windows，在服务器的复制粘贴变了，选中，鼠标左边点一下是复制，右边点一下是粘贴），enter
  那么就把miniconda的安装包下载到biosoft目录了

安装miniconda

bash Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh 然后enter
安装就开始了，一直enter，直到出现Do you accept the license terms? [yes|no]这句，按yes，然后根据程序提示按enter或者yes
当看到Thank you for installing Miniconba3，说明安装成功。

激活conda

输入命令source ~/.bashrc激活conda
出现满屏信息就成功了。

添加镜像

添加清华镜像（下面的四行代码来源生信星球公众号），将下面的代码复制到命令行

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

使用conda安装fastqc软件
（1）查看当前服务器上安装的所有软件列表conda list，可见有满屏信息
（2）搜素conda软件conda search fastqc
（3）安装软件conda install fastqc -y（-y是yes，安装过程中，conda问的问题全都yes）
（4）卸载软件conda remove fastqc -y

了解conda 环境

图片来源生信星球微信公众号

查看当前conda有哪些环境conda info --envs

当前的conda环境

（前面带* 就是默认）

举例

建立一个名为rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
输入命令conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次查看conda环境conda info --envs

当前conda环境

多了rna-seq，默认的* 还是在原来那里
接下激活rna-seq，conda activate rna-seq
再次查看conda环境

当前的conda环境

默认的*就在rna-seq前面了。

退出当前环境，conda deactivate此时conda环境又回到了原来的环境

当前的conda环境

linux环境下的软件安装的思维导图

跟着豆花小姐姐的教程，操作完成，但是出了问题还是很懵圈。要多学多练。