Matlab + mricron批量转换DICOM数据为NIFTI格式

将DICOM数据转换成NIFTI格式，是医学图像处理中的一个基本需求。多款软件可以实现，应用比较多的是mricron中的dcm2niix.exe工具。但是该工具不易于数据的批量转换。本文提出了一种Matlab + mricron批量转换的思路，供大家参考。

1. 前期准备

• 安装matlab。
• 下载mricron，解压缩。https://www.nitrc.org/frs/?group_id=152
• 下载spm12, 解压缩后，添加到matlab的环境变量中。https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/download/

2. mricron添加到环境变量中

• 从控制面板，系统，找到下图所示的高级系统设置，点击进入。
  

  环境变量1.png

• 点击环境变量。

  
  
  环境变量2.png

• 在环境变量里面，选中Path, 点击编辑

环境变量3.png

• 选择New,输入mricron文件夹的位置，保存退出。

环境变量4.png

• 验证环境变量是否设置成功。同时按下windows + R键，输入cmd,打开下面的界面，输入dcm2niix，回车，如果出现下面的内容，说明环境变量设置正确。

dcm2nii.png

3. Matlab使用

在matlab中，复制下面的代码到命令行中，回车运行， 选择要处理的数据文件夹，即可批量转换。

dirNames = cellstr(spm_select(Inf, 'dir'));

for i_a = 1:numel(dirNames)
   dirName = dirNames{i_a};
   cd(dirName);
   fList = dir('*');
   fList(1:2) = [];
   
   if isempty(fList)
      disp(dirName) 
   end
   
   cmdline = sprintf('dcm2niix -g N %s', fList(1).name);
   system(cmdline)
end