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文章链接（点击蓝色字体即可跳转至原文）：文献
每天都在下文献、看文献，但是对于文献管理、分类、信息提取无从下手。除了不知道该选择什么管理工具，阅读文献时提取重要信息以及对信息的批量整合也挺麻烦的。
这次整理了一些网友在管理文献时的小技巧，结合目前的几个主流文献管理工具给大家分享一些经验。所有文献管理工具的安装包都附在文末啦~
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来源：知乎
知乎用户：menz
文献总结整理：Endnote
文献阅读：网页版Fulltext
文献笔记：Onenote
为什么使用这几个软件？因为这样最符合我的需求。
个人认为整理文献主要目的是：能够在任何条件下，快速找到所需信息。任何好用的软件，都不如大批量多批次的文献阅读。
只要符合自己的需求，其实不管用哪些工具都行，不用去管主流不主流。
1、阅读文献的时候用网页版Fulltext或PDF
排版舒服容易阅读（网页版和PDF都合适）
不懂的内容即时Google（网页版较合适）
例如，内容中出现：“xxxxx[11]”。我希望马上看看这个参考文献[11]是什么。pdf版太烦了——要拖下去找这个参考文献[11]，然后再滚上来，忘了刚刚看到哪了。这点（大部分文献的）网页版就很好，鼠标虚指一下[11]这个链接，参考文献的citation信息就显示出来，再点一下，直接就可以打开这个参考文献的页面。
在内容中highlight关键部分：IE可用Imarkup扩展；Firefox可用Wired-Marker。高亮记录永不丢失，并可搜索。
2、阅读的同时做笔记用Onenote
Onenote可贴到屏幕右边，记录你的总结和思路火花。如果使用IE，Onenote还可以自动记住你是在阅读原文哪一段时做的这一句笔记。
所以，我阅读文献采用网页版，笔记采用onenote。
3、做文献整理的时候用Endnote
我对文献整理软件的唯一需求，就是能快速找到想要的那一篇/几篇文献。想找哪篇找哪篇，忘了关键信息也能找到，模糊检索也能找到。
想象以下场景：
我想找那篇之前读过的（标记已读/未读功能）；
2005年发表的（排序功能）；
分组在"Crystallography"组的（分组功能）；
曾被我标记了"mTOR"标签的（标签功能）；
忘了是题目还是内容中含有"pET28a"的（全文内搜索功能）的文献。
满足所有这些功能的，我知道的只有Endnote和Mendeley（可能还有别的软件）。我选择了Endnote。另外，把Endnote文件放在OneDrive/Dropbox等文件夹里，还可实现同步。
综上所述，我个人最好的选择是网页版阅读+Onenote笔记+Endnote整理。
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来源：知乎
知乎用户：nerfing
管理文献：Mendeley
笔记工具：PDF
经验：重搜索，轻整理
个人认为整理文献主要目的是：能够在任何条件下，快速找到所需信息。任何好用的软件，都不如大批量多批次的文献阅读。
所以思路是：轻整理，重搜索。轻整理，是指不对文献分类，或者只是对文献简单分类。重搜索，是指利用不同的搜索工具，快速定位到我需要的文献。
1、重搜索
在新项目（写一篇综述，开始一个新课题或者完成一份大作业）开始之前，我会在Mendeley中根据不同项目，建立一个新文件夹。
一个项目刚开始的时候，文件夹中没有文献，就需要先建立一份本地的文献原始积累。我习惯在Web of Science上根据关键词去找所需要的文献。
①比如我现在想看一下微流控单细胞测序（microfluidic single cell sequencing）最近的进展时，就去WoS搜：
② 总共有214篇文献。我会把214篇文献的题目先全部浏览一遍，其中大概100篇需要下载看一下PDF。最后我会剩下大概50篇左右PDF，拖进Mendeley，建立原始的文献积累。
③ Mendeley会自动提取文献信息，按照文献的发表年份、期刊和文章题目将文献重命名，并将该文献自动整理到指定文件夹中，完成文献的原始积累。
我用Mendeley而不是Endnote做文献索引，主要是因为：
Mendeley是我用过所有的文献整理软件中，提取文章题目，发表年份和期刊等信息最准确和方便的软件。看到一篇有意思的文章，我只需要往Mendeley中一拖，它就会帮我自动提取文献信息建立条目，并将文件拷贝到指定文件夹中。其他的软件，要么是提取文献条目的准确度不高，要么就是建立文献条目非常麻烦，需要花大量的时间去建立条目，大大降低文献阅读效率。
④我又将这个Mendeley的文件夹中所有文献用Dropbox同步。
之后我要看文献时，只从这个文件夹中打开文献。这样做的好处就是，把所有的文献和笔记信息全部集中化了，不会造成信息碎片。
⑤ 做笔记我也只在PDF上做，这样就不用另外开一个软件写笔记，并可以对自己感兴趣的信息直接标注，实现信息最大程度集中化。哪怕打印了纸版的文献，我在看完后也会把纸版上的笔记全部在PDF上标注，避免信息碎片化。
⑥ 我看一篇文献，除了一些世界上的顶尖超级大牛，一般记不住作者的名字，但是我一般会对文章发表年份和所在期刊有很深的印象，而且一般题目又提供了文章中最主要的信息。
⑦ 所以我设置Mendeley自动根据文献的三个强信息：发表年、发表期刊和文章题目自动重命名，并结合Everything，在本地实现文献的第一重搜索。
如果搜索目标很明确，比如我现在想找一篇之前在Nature Drug Review上看过的关于drug combination的文章，由于关键词很明确，用Everything直接就从本地找到了，耗时不超过3秒。
⑧ 如果搜索目标不那么明确，比如题主说的，“总感觉有些文献读过就忘记了，想用的时候想不起来”；或者找找一些特定的问题，不确定本地文献有没有。这个时候我一般会把所有能想到的关键词输入，上Google Scholar搜索。
这个时候，可能会找到一些文献在本地是有的，那就可以根据文献名，用Everything快速在本地找到对应的文献。
如果一些文献本地没有，那就直接下载PDF，阅读后在Mendeley建立本地索引。
如果想要搜索特定一句话，或者在写文章的时候想对一些说法进行佐证，就可以用Mendeley的搜索工具。
或者还是上Google Scholar：
2、轻整理
① 之后随着时间的流逝，一个文件夹下的文献慢慢变多，这个时候就需要在Mendeley中建立子文件夹了，也就是传统意义上的整理。但是我不赞成把文献归类做的过细。对一个项目下简单分类，使每个子文件夹中的文献大概不超过50篇，再通过发表年份，期刊名，作者名等信息，也可以很容易找到所需的文章了。
② 但是我现在不会等文献很多了之后再去建立子文件夹，而是会在平时读文献的时候，根据一个项目下的不同问题，建立一些小的分类。在Mendeley中，同一篇文献是可以归属不同的文件夹的，所以在归文件夹的时候也不用那么纠结。
最后，我想说的是，任何文献整理软件都不能代替人对文献的阅读，任何时候读文献中信息永远是第一位的。整理软件只能够帮助更加快速地找到所需的信息而已。
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来源：知乎
知乎用户：乔智
收集文献：DEVONthink pro
管理文献：Zotero
管理笔记：Circus Ponies Notebook
1、收集文献：DEVONthink pro
DEVONthink功能
a. 文件可以以相同或者不同的名称储存在同一个或者不同的文件夹；
b. 文件可以进行不同的标记（Label）和标签（Tag），我把标记用来表示重要程度（待读、当下可用、重要等），标签则涵盖核心信息；
c. 文件可以复制（Duplication）和建立替身（Replication），后者对一个替身文件的修改可以实现在所有文件上。我在文件夹中有Chapter3，这是我正在进行中的论文，我将我需要的文章全部替身到这个文件夹里，完成后再把这个文件夹里的替身全部删掉，但是我阅读的修改和标记已经全部在我的文献中保存了；
d. 左下方紫色文件夹为智能文件夹（Smart Group），可以自定义软件中任何一个规则，我仅仅是作为汇集标记的文件夹；
e. 可以将网页截屏为网页格式，或者pdf格式，平常看到有用信息可以立刻保存。
适用半个月，非常方便，还有更多更加细节的功能，这里只是一些最基础功能。
目的：替代Mac Finder，收集整理文献。
2、管理文献：Zotero
目的：直接形成参考。
Zotero优势：
a. 可直接拖曳pdf，自动抓取元数据，导入参考信息；
b. 可输入书号，自动生成参考信息；
c. 可安装插件，显示参考数量。
补充：原本用Zotero整理文件，所以建立了文件夹，但是在用DEVONthink之后，就放弃在Zotero里继续整理了，通过插件在Word中可以很轻松的实现查找和输入。
3、管理笔记：Circus Ponies Notebook
目的：记录笔记，形成主题，安排提纲。
Circus Ponies Notebook功能：
a. 收集笔记
a1. 上图是我的笔记本和主题本，按照“作者_年份_名称”命名，前面标“*”号代表需要归纳整理；
a2. 截图是某一篇期刊的内容，我将期刊分为摘要，摘录，总结，分别记各类信息：
b. 形成主题：
b1. 上图是我的主题页面，我将所有读过的文献全部整理到了不同的主题之下，以此建立自己知识体系，并且方便以后查看；
b2. 侧面是参考，告知我具体信息从何而来。
c. 安排提纲
c1. 上图是我为最近写作的论文安排的提纲页面；
c2. 不同的信息由笔记和主题以及持续的阅读中丰富提纲，基本上提纲建立完成，按照顺序写作也就可以了，侧面仍是“作者_年份”的参考信息。
总结
这是我用来整理文献和收集笔记的三个基本工具，也仅仅介绍了最最基本的功能，希望各位可以从中开发更多功能，养成更符合自己的习惯。
其它文献管理工具
Citavi ：citavi是知识管理工具。它有完善的文献管理、作者管理、关键词管理、pdf映射、搜索引擎、表格、想法等全方位的知识管理工具，可以支撑起博士生涯在内的庞大文献背后的知识管理工作，文献管理自然也不在话下。
NoteExpress：国产文献管理工具，最大的特点是对中文文献的非常友好、笔记功能强大、中文杂志的引文格式数量多。其对中文PDF文献的读取能力不是其他主流文献管理软件所能比拟的，不会出现其他国外软件长出现的乱码、识别困难的现象，彻底帮你解决中文文献无法识别、乱码等等让人糟心的问题。
NoteFirst：免费，软件内双击能直接打开pdf，但是会有英文名bug（显示pdf英文字母间没有空格），导入操作复杂（自带的插件被谷歌标注为恶意软件chrome没法装），word加载项不能用，加上好久才更新一次，用起来体验感不是很好。