TCGA数据官网网页下载及gdc-client下载

下载TCGA数据时，可以采用多种方式进行下载，有使用R 相关的packags进行下载，最新的数据最好是从TCGA官网进行下载。

1.使用官网网页进行下载

如果需要下载的数据量不大，可以直接在官网进行下载

1.1 选定所需要下载的数据

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根据需要分析的数据，选定数据后，在右方加入购物车

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1.2 下载数据

不管使用网页下载数据，还是官网提供的GDC工具，有以下几个文件需要下载

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网页下载数据可直接选择cart下载

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2. 使用GDC工具下载数据

使用官方GDC下载工具下载,可以防止数据下载过程中中断。当数据量较大时，并且从TCGA官网下载，最好采用这种方法。

2.1 首先下载gdc工具

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选择适合自己PC的版本即可。

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2.2下载数据

这个时候就需要用到之前下载的manifest文件和clinical文件
将gdc-client.exe 解压后，将其与manifest文件，clinical文件，meta文件放在同一文件加中。
运行时，win+R打开cmd，进入需要下载的目录，使用如下的操作。

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这之中需要注意在cmd中如何切换盘符路径，并进入相应的文件夹中。目标文件夹后面的命令如下：

gdc-client.exe download -m gdc_manifest_20200525_152610.txt -d KIRC

下载后的数据是以文件夹形式存储，每个文件夹中又是一个压缩文件。下一步就是将所有的压缩文件放置在同一个文件夹中。
下载过程中可能出现报错

ERROR: ('Connection aborted.', error(10060, ''))  ] ETA:  --:--:--   0.00  B/s
ERROR: An unexpected error has occurred during normal operation of the client. Please report the following exception to GDC support .
ERROR: 'NoneType' object has no attribute 'status_code'
Traceback (most recent call last):
  File "gdc-client", line 107, in 
  File "build\bdist.win-amd64\egg\gdc_client\download\parser.py", line 127, in download
  File "build\bdist.win-amd64\egg\gdc_client\download\client.py", line 277, in download_small_groups
  File "build\bdist.win-amd64\egg\gdc_client\download\client.py", line 216, in _download_tarfile
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'status_code'
ERROR: Exiting

这个时候使用官方gdc-client工具的下载优势就体现出来了，出现问题，继续执行上述操作命令，则继续进行下载。

对于下载好，存放在同一个文件夹中的数据，最后一定要和自己在TCGA中选择的数据参数进行比较，是否下载全面。

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gdc下载方法图片参考https://www.jianshu.com/p/5e4a74cc00fe