centos7非root安装各种依赖库(举一反三)

在安装cytoTRACE的时候，除了之前所需要的更高版本的GCC，此外，它还需要nc-config这个依赖库，这在我们组服务器也是没有的，在没有root权限下，我们该如何安装呢？其实到后面会发现无root编译安装其实有个通用流程的，如果我们可以熟悉掌握，我是感觉可以应对大部分依赖版本不一致的问题。

进入正题，经过简单的查阅，会发现nc-config是在netcdf下面，因此，那我们就编译安装netcdf就好啦。

netcdf安装前需要安装libxml2、zlib、hdf5、netcdf-c与netcdf-fortran（其中hdf5依赖于zlib；netcdf-c依赖于hdf5；netcdf-fortran依赖于netcdf-c）

文中安装包可于百度云下载：https://pan.baidu.com/s/15w4f_WfnV5WiSxZ-SN3TkQ 密码:aicd
也可以去官网下载：
HDF5 and zlib packages are available from the HDF5 downloads site and the zlib home site.

上述软件均安装在同一个文件夹${DIR_install}下 （如果netcdf-c与netcdf-fortran不在同一个目录下则会导致无法运行）。

1. 设置安装所需的环境变量

$ export DIR_install=安装目录
---------或者--------
$ DIR_install=/home/zhouwg/data/software

2. 安装zlib

$ tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz
$ cd zlib-1.2.11 
$ ./configure --prefix=$DIR_install; 
$ make check
$ make install 

3. 安装hdf5

$ tar -jxvf hdf5-1.10.3.tar.bz2
$ cd hdf5-1.10.3
$ ./configure --prefix=$DIR_install --with-zlib=$DIR_install --enable-hl 
$ make ## make -j 64    # 有点慢，可以考虑多线程编译
$ make check
$ make install

4. 安装netcdf-c

需要把${DIR_install }/lib加到环境变量 LD_LIBRARY_PATH中（安装netcdf-c可以暂时不加，但是安装netcdf-fortran必须添加）

Optional

$ export LD_LIBRARY_PATH=$DIR_install/lib:$LD_LIBRARY_PATH

Necessary 这里我用的是最新版的netCDF，4.9.0

$ tar -zxvf netcdf-c-4.9.0.tar.gz
$ cd netcdf-c-4.9.0
$ CPPFLAGS=-I${DIR_install}/include LDFLAGS=-L${DIR_install}/lib ./configure --prefix=${DIR_install} --disable-filter-testing 
(上述过程如果出现 `configure: error: curl required for remote access. Install curl or build with --disable-dap.` 则在configure后添加 --disable-dap;
如果出现'configure: error: curl required for remote access. Install curl or build with --disable-hdf5.' 则在configure后添加 --disable-hdf5;) 我是出现后面这种情况
$ make check
$ make install

安装成功提示

但是当我输入nc-config --help 时却提示找不到，问题肯定就是出现在环境变量配置上，找不到这个nc-config,所以进一步查看安装路径下的nc-config在哪，发现在bin目录下，因此把这个再加进~/.bashrc里就好啦

$ export PATH=/home/zhouwg/data/software/bin:/home/zhouwg/data/software/lib:$PATH
也就是在前面的环境变量里，需要加两条
$ vim ~/.bashrc
## 添加下面两条
$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/zhouwg/data/software/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
$ export PATH=/home/zhouwg/data/software/bin:/home/zhouwg/data/software/lib:$PATH
$ source ~/.bashrc
## 这时候再试下 **nc-config --version**
$ nc-config --version
## netCDF 4.9.0

大功告成！可以接着安装那些R包了。

总结一下，举一反三，如何利用非ROOT安装各种依赖库，当然我这边举例都是基于Centos7系统的，理论上Ubuntu其实也通用，但是往往Ubuntu没有这样的问题，因为它的软件往往都比Centos要新。

1. wget命令下载软件源码，如：
$ wget xxx/zlib-1.2.11.tar.gz
2. 解压：
$ tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz
3. 配置编译路径（关键）
$ ./configure --prefix=/home/zhouwg/data/software
4. 安装：
$ make && make install
5. 修改~/.bashrc文件，配置环境变量，加入安装好的文件路径（一般是bin目录，软件的命令一般都在bin目录中），如:
$ export PATH=/home/zhouwg/data/software/bin:$PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/zhouwg/data/software/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
注意一般都会在最后加上$PATH，这里是为了把在这之前设置的PATH都加入到PATH中，不然之前设置的PATH都会被覆盖，另外要注意liunx的配置文件路径分割符为冒号:,window 为分号；。
6. 最后激活配置文件：
$ source ~/.bashrc

参考1：https://blog.csdn.net/zhaohaibo_/article/details/88249104
参考2：https://blog.csdn.net/bobobe/article/details/109144385
官方教程：https://docs.unidata.ucar.edu/nug/current/getting_and_building_netcdf.html