流光溢彩426
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背景校正报错：backgroundCorrect

在进行背景校正的时候，出现报错

y <- backgroundCorrect(x, method="normexp")
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘backgroundCorrect’ for signature ‘"EListRaw"’

查找到徐洲更的解决报错方案
「Debug R」报错"unable to find an inherited method for function"是如何产生的

想着函数出错的原因：1、未加载相应的包
2、包中函数互相冲突
3、其中一个包的函数屏蔽了另外的包中的函数

然后搜索了一下在我的R中存在两个包有“backgroundCorrect”函数


image.png

之后看到小洁的文章中说使用的是limma包，而解螺旋老师给的oligo函数是处理昂飞芯片的，于是使用limma包中的函数

y <- limma::backgroundCorrect(x, method="normexp")

出现了小洁老师文章中的数据，算是解决了一个问题。
小洁老师处理安捷伦芯片原始数据文章链接
aglient芯片原始数据处理

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