Win10使用gdc-client下载TCGA数据集【安装使用教程】成功解决闪退问题！

做实验需要下载TCGA数据集，数据量比较大的时候，直接从网页下载速度非常慢，容易出现下载不全等情况。

调研后选择在Win10端使用gdc-client来帮助下载Cart文件。

一、下载软件、配置环境

下载软件

下载网站链接：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool

找到自己想要下载的版本，我这里通过Windows10举例

【注意】该软件不能放在含有中文名的文件夹下，否则会报错。

解压后双击【gdc-client.exe】打开软件，会闪退

该软件不能直接点击使用，需要配置后在命令行中使用

配置环境

使用【win+R】组合键，输入【cmd】，打开命令行窗口

输入：

# 程序安装路径 -h
D:\Application\gdc-client\gdc-client.exe -h

出现以上信息，代表程序可以正常运行！

但是为了后续更方便地下载数据，我们把gdc-client加入到系统环境变量中

打开win10【控制面板】——【系统和安全】——【系统】——【高级系统设置】——【环境变量】

点击系统变量Path的编辑

把程序安装路径添加至系统变量

最后逐步点击确定，完成设置

用户变量和系统变量的区别：

在高级设置中，有用户变量和系统变量两部分，它们均包含Path变量。

用户变量通常用来存储个人化的配置和偏好设置；系统变量适用于存储整个操作系统的环境变量，它对所有用户和进程都可见。

如果将一个文件的路径添加到系统变量中，就不需要再将它也参加到用户变量中，因为系统变量的优先级更高，会覆盖同名的用户变量。

最后测试环境变量设置是否成功

在命令行中输入以下命令

gdc-client -h

出现和前文相同界面，代表成功。

二、使用gdc-client下载数据

以TCGA-LAML(白血病)转录组学数据下载为例，展示过程

下载manifest文件

选择想要下载的数据

添加至购物车（添加前要清除购物车，不然下载的数据就错乱了）

打开网站右上角购物车

点击【Download】下载Manifest文件

Manifest文件包含想要下载的数据信息；Cart是真正的数据，也是我们想要通过命令行下载得到的

下载数据

把下好的文件放到和gdc-client同一路径下，这样后续处理比较方便

新建一个文件夹来保存Cart数据，我的路径为：C:\Users\10630\Desktop\TCGA-LAML\LAML-data

因此我需要在命令行中输入以下命令来下载（根据自己的路径不同改写）

gdc-client download -m D:\Application\gdc-client\gdc_manifest_20230713_123548.txt -d C:\Users\10630\Desktop\TCGA-LAML\LAML-data

数据会逐个样本下载

如果不自己新建路径，则文件会下载至命令行窗口的路径中，我这里就是：C:\Users\10630

这样会和原有文件混在一起，不好处理，所以还是自己新建一个文件夹保存会比较好

成功下载151个样本