基因家族分析5 || 共线性分析及可视化

共线性分析（Synteny analysis）及可视化

基因家族流程：基因家族分析（一）

基因家族流程：基因家族分析（二）

基因家族流程：基因家族分析（三）

基因家族流程：基因家族分析（四）

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参照我以前的推文：MCScanX安装、报错解决方法及简单使用

如果对MCScanX对家族基因分类不满意，因为没有转座子复制，可以选择用MCScanX-transposed，可以探别转座复制的基因。
MCScanX-transposed安装及使用

利用Circos可视化共线性结果

1.简介

Circos 是一个Perl语言开发的自由可视化软件，使用GPL协议分发，以绘制输出圈图(原型)。下载地址：http://circos.ca/software/download/circos/

1.png

2.安装

1.第一次安装需要安装circos画图的perl模块，根据报错一个个装，最好是有sudo权限装，不然很麻烦，
2.没有权限可以选择windows下使用

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3.数据文件准备

1. chr文件（参看circos中data下的核型文件）
2. text文件

3. link文件

   
   
   [图片上传中...(11.png-394ba1-1554724183006-0)]

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4.其他详细参数参看Circos从入门到精通 -

CSDN博客：https://blog.csdn.net/u014182497/article/details/52513269

5.结果，需要配置文件

NAC.png