MRI_lab
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freesurfer-海马/杏仁核亚区体积分割

segmentHA_T1.sh subj

  • 1.recon-all
  • segmentHA_T1.sh result1

    • mri_segstats
      • mri_segstats --seg mri/aseg.mgz --ctab $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt --excludeid 0 --sum T1.aseg.sum --i T123D.nii #
      • mri_segstats --annot bert lh aparc --i lh.register_FA.mgh --sum lh.register_FA.stats #√
      • mri_segstats --seg mri/ThalamicNuclei.v12.T1.mgz --i mri/nu.mgz --sum thalam.sum
        • ERROR: dimension mismatch between input volume and seg
        • input 256 256 256
        • seg 167 119 122
      • mri_segstats --seg mri/ThalamicNuclei.v12.T1.FSvoxelSpace.mgz --i mri/nu.mgz --sum thalam.sum

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