在Linux系统下安装部署Singularity容器

在以下两篇博客中：

浅谈Singularity容器_男孩李的博客-CSDN博客

Singularity容器常用命令_ubuntu卸载singularity_男孩李的博客-CSDN博客

我们分别介绍了Singularity容器以及Singularity容器的常用命令，相信大家对高性能计算容器Singularity并不陌生了。这次我们将重点描述如何安装部署Singularity容器。

Singularity容器的安装大致分为以下三个步骤：

• 安装Go
• 下载Singularity
• 编译Singularity源代码

1.安装Go

Singularity v3 及以上版本主要用 Go语言 编写，所以需要安装Go才能进行源代码编译。

关于Go的下载，可以从下面网页中根据需要选择合适的版本下载。

All releases - The Go Programming LanguageAll releases - The Go Programming Language

 在这里我们选择适用于Linux系统的go1.20.5.linux-amd64.tar.gz。

下载完成后解压到/usr/local目录下，并设置相应的环境变量。

tar -C /usr/local -xzvf go1.20.5.linux-amd64.tar.gz

将环境变量设置为指向 Go：PATH

echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc && \
  source ~/.bashrc

注意：如果之前系统中已经下载安装过go程序，需要将之前的删除或替换

go rm -r /usr/local/go

2.下载Singularity

您可以从其中一个版本下载奇点。要查看完整列表，请访问 GitHub 发布页面。 确定要安装的版本后，可以运行以下命令以 继续安装。

 如果需要下载其他版本的，也可以拉到最后翻页下载，或直接在命令行中指定下载。

$ export VERSION=3.7.3 && # adjust this as necessary \
    wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-${VERSION}.tar.gz && \
    tar -xzf singularity-${VERSION}.tar.gz && \
    cd singularity

3.编译Singularity源代码

现在你已经准备好构建Singularity了。依赖项将自动下载。您可以使用以下命令构建Singularity：

$ ./mconfig && \
    make -C builddir && \
    sudo make -C builddir install

需要注意的是Singularity需要在root用户下安装才能正常运行。

4.安装验证

验证是否安装成功：

Singularity的命令行界面允许您构建 并与容器透明地交互。您可以在 容器，就像它们在您的主机系统上运行一样。您可以轻松重定向 IO、使用管道、传递参数以及访问主机上的文件、套接字和端口 容器内的系统。

singularity help命令，可以查看如何使用singularity与Linux系统进行交互。

 

5.另外一种方式是yum安装

yum update -y 
yum install -y singularity

或：

yum安装Singularity以及依赖包。

yum install -y singularity-runtime singularity libseccomp-devel golang git socat gcc