GEO图表

1.图表介绍

(1) 热图

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• 差异基因热图
  group: 粉红色untrt为对照组
  中线以上的基因为下调基因

(2)散点图

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• 以一个向量作为纵坐标，横坐标默认按照下标排序

(3)箱线图

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• 箱线图展示单个基因在两组之间表达量的差异
  一组数据分布的直观体现，展示数据群体数据整体分布，不展示每一个数据的样子
  输入数据是一个数值型向量作为纵坐标和一个字符串向量（有重复值且取值数量有限）作为横坐标

  
  
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离群点：比Q1小1.5倍的四分位距（箱高）或比Q3大1.5倍四分位距的点
max： 最大值
75%： Q3，四分之一的数比我大
median： Q2，中位数（Q1、Q2、Q3统称为四分位数）
25%： Q1， 四分之一的数比我小
min： 最小值

(4)火山图

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• P值越小 → -log10(Pvalue)越大 → 差异越显著

(5)主成分分析

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• 一个点代表数据框中的一行，点与点之间的距离代表相似性，距离越近越相似（Dim1，Dim2代表主成分1和主成分2能解释数据变化趋势的百分之多少，后面的百分数可以去掉不用显示）

2.表达芯片分析思路

• 探针的表达量反应基因的表达量

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探针注释（探针与基因的对应关系）

• 注释来源
  1） Biocoductor的注释包
  2）GPL的soft文件解析
  3）官网下载对应产品的注释表格
  4）自主注释
  https://mp.weixin.qq.com/s/mrtjpN8yDKUdCSvSUuUwcA

3.富集分析

(1)id转换：bitr()

entrezid id是富集分析最好的基因id

• 输入数据：
  差异基因的entrezid id
  所有基因的entrezid id

(2)富集分析结果

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