PTGS或RNA沉默：某基因能够正常转录，但是其mRNA不能正常翻译成蛋白质
内源性小RNA的生物合成
>在RNA Pol 2/4/5作用下合成合成单链RNA
>在RDR催化下合成dsRNA「RDR只在植物、线虫、真菌中存在，果蝇及哺乳动物中没有」
>在DCL作用下对dsRNA进行切割，切割成21-24nt的双链small RNA片段「3'突出两个碱基」
>在植物中，双链small RNA被HEN1在3'-OH端加上甲基
>AGO识别并结合甲基化的ds RNA的其中一条链，并招募相关蛋白组成RISC
>RISC结合到互补的靶基因上，产生效应；
• 在特定位点切割靶基因（多在植物中）
• 阻遏翻译（多在动物中）
• RNA依赖的DNA甲基化
基础的RNA沉默机器较为保守
>DICER：多结构域的RNase III核酸酶，切割dsRNA为小片段「具有解旋酶活性、PAZ结构域、RNase III活性、与dsRNA结合的结构域」
>AGO：RISC重要组成部分，由PIWI「具有切割RNA的活性」和PAZ结构域「结合dsRNA的3'端，5'端负责识别靶基因」
>RDR：相对保守性较差，人类、酿酒酵母、果蝇中都没有RDR，miRNA生物合成中不需要RDR的参与
>RNA Pol：Pol II在所有生物中都有，但Pol 4/5并不是所有生物都有
内源性micro RNA的生成
植物中：
>miRNA基因编码，在RNA Pol II的催化下，转录生成pri-miRNA（有5'帽和3'尾结构）
>pri-miRNA在DCL1作用下，切割成有茎环结构的pre-miRNA（miRNA前体）
>pre-miRNA在DCL1作用下，剪切成ds miRNA
>ds miRNA在HEN1的作用下，3'端甲基化
>被核内AGO1结合/HASTY介导出核进入胞质与AGO1结合
>ds miRNA的一条单链被AGO1结合形成RISC，另一条链被降解
>组装好的RISC结合到特定mRNA互补区，在特定位点进行切割
动物中：
>miRNA基因编码，在RNA Pol II的催化下，转录生成pri-miRNA（有5'帽和3'尾结构）
>pri-miRNA在Drosha的作用下，切割成有茎环结构的pre-miRNA（miRNA前体）
>pre-miRNA由转运蛋白Exportin-5运送到细胞质
>pre-miRNA在Dicer酶的作用下被切割成成熟的miRNA
>成熟的miRNA随后结合到RISC，介导基因沉默表达
不同点：
①pre-miRNA长度不同：植物miRNA前体的茎环结构更大，更复杂，约动物中的3倍长
②mi-RNA长度不同：植物miRNA--21nt，动物miRNA--22-23nt，源于Drosha与Dicer切割性能差异
③生成与加工方式不同：植物miRNA末端的3'-OH存在甲基化，而动物中没有
④进化保守性：植物中miRNA进化保守性高
⑤基因簇现象：动物中多个miRNA由一个MIRNA基因得来；植物中一个miRNA对应一个MIRNA基因
⑥靶序列匹配程度：动物miRNA的匹配度低；植物miRNA的匹配度高，几乎完全匹配
⑦靶向位置不同：动物miRNA靶向3'UTR；植物靶向3'UTR，开放读码框
⑧作用机制：动物miRNA结合3'UTR阻止翻译，mRNA稳定；植物miRNA结合多位点，降解mRNA，使基因沉默
miRNA与siRNA的差异
起源上：
>miRNA由某些相对保守的蛋白的基因重复颠倒反向产生的，是内源性的small RNA，参与正常情况下的生长发育基因调控
>siRNA起源于转座子、逆转录因子、高度重复序列、中心粒序列，是在病毒感染或人工插入dsRNA后诱导产生的 不参与动物体的正常生长，作为miRNA的完善和补充
结构上：
>miRNA是单链的RNA形成了发夹结构，经过剪切加工成为假的双链RNA；而siRNA则是真正的双链RNA
产生过程中：
>形成dsRNA时，miRNA不需要RDR参与，而是形成发夹结构，是假的dsRNA；siRNA需要RDR参与，以单链RNA为模板合成，形成dsRNA
>miRNA被DCL1切割时，是不对称切割；siRNA并非不对称切割，切割酶是DCL3
>形成RISC时，miRNA的是AGO1，siRNA的是AGO4
>动物中多个miRNA由一个MIRNA基因得来；植物中一个miRNA对应一个MIRNA基因；siRNA一个dsRNA可产生多个成熟的siRNA
功能上：
>miRNA与靶mRNA并不完全配对，存在错配；而siRNA能与mRNA完全配对
>介导RNA沉默中，miRNA可结合在靶mRNA上，从而断裂mRNA，也可以结合在3'UTR抑制翻译的进行；siRNA还可以介导DNA上胞嘧啶的甲基化或修饰组蛋白