Gromacs分子动力学培训通知

一，软件介绍

GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。 科技的发展已然遍布世界，对于事物的探讨尤其是对微观动力学现象的研究越来越依赖于计算机。. 由此，模拟技术与实验、理论三者的结合是现在以及未来被认可和推广的研究手段。. 分子动力学模拟不仅可以解释实验现象，验证理论结果，而且还发挥着预见性作用。. 其在生物、医药、材料、化学等学科领域均有广泛应用。. 在分子动力学的模拟研究中，一款开源、自由、免费的软件GROMACS得到了广泛的应用。. 它可以用于几百万个粒子体系的分子动力学模拟研究，特别是生物体系，比如磷脂双分子层生物膜、蛋白质、药物分子等。另外，GROMACS能够非常快速地计算非键作用，因此也可用于非生物体系，如聚合物、一些有机物、无机物等。

二.培训方式

本次培训全程线上授课, 采用一对一或者一对多方式进行, 以视频方式授课，工程案例讲解，答疑，技术交流，学员需要自行准备电脑。

三 培训对象

需要使用Gromacs软件进行科学研究的老师,学生以及其他研究人员.

四、培训内容

针对gromacs软件的常用模块进行教学，包括蛋白与配体模拟分析，离子液体，小分子与细胞膜相互作用，同时介绍gromacs中的各分析模块使用功能。具体内容如下：

1. 蛋白与配体模拟分析

蛋白质的预处理，配体分子建模

1.1分子动力学模拟的力场

1.2.分子动力学模拟的参数及方法

1.3复合物构象随时间的变化

1.4. 均方根偏差分析

1.5.旋转半径的变化

1.6.均方根波动分析

1.7.分子两端的距离和原了距离的分析

1.8.分子内和分子间氢键数的变化

1.9.径向分布函数分析

1.10.溶剂可及表面积分析

1.11.主成分分析

1.12.二面角分析

2. 均相与多相的模拟与计算(离子液体,小分子药物自组装，团簇)

2.1小分子与离子液体建模

2.2气相分子，分子团簇与纳米液滴的模拟

2..3复合物构象随时间的变化

2.4. 均方根偏差分析

2.5.旋转半径的变化

2.6.均方根波动分析

2.7 分子间相互作用

3.细胞膜模型构建，小分子与细胞膜相互作用

3.1磷脂分子的选择

3.2药物分子的建模

3.3磷脂分子力场选择

3.4双层膜的构建方法

3.5药物分子与双层膜质心距离随时间变化

3.6药物分子与膜分子之间形成氢键已经氢键寿命

3.7药物分子可及表面积变化

3.8 均方根偏差分析

详情见:

Gromacs分子动力学培训通知_gromacs 分子动力学-技术邻