学习小组Day7笔记--尹露茜

最后一天在豆豆花花的引导下成长
教程的知识总结特别好
是我一直接触又疑惑的部分
喜欢这样的系统归纳
真诚致谢

学习内容

怎么区分一二三代测序
二代测序大体流程
NGS组学都包括哪些分类

测序过程和原理

• 原理介绍视频：https://share.weiyun.com/5qojuBY 密码： 密码：bxsry4
• 文章《测序的世界》：https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d2

Fastq & Fasta
Fastq格式：一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行。
第一行：由‘@’开始，后面跟着序列ID和可选的描述，序列ID是唯一的；
第二行：碱基序列；
第三行：由‘+’开始，后面是序列的描述信息；
第四行：第二行序列的质量评价(quality value)。
Fasta格式：

1：以“>”为开头，fasta格式标志。
2：序列ID号，gi号，NCBI数据库的标识符，具有唯一性。
格式为：gi|gi号|来源标志|序列标志（接收号、名称等），若某项缺失可以留空，“|”保留。
3：序列描述。
4：碱基序列，序列中允许空格、换行、空行，一般一行60个。

Fastq文件→Fasta文件

Linux命令

法1：sed '/^@/!d;s//>/;N' your.fastq > your.fasta
法2：seqtk seq -A input.fastq  > output.fasta

FASTX-Toolkit

一款用于处理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序，里面包含了丰富的Fasta/Fastq文件格式转换、统计等命令。
http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/

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