如何在NCBI下载数据（包括批量下载）？

NCBI（National Center for Biotechnology Information）https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI官方介绍是：

NCBI advances science and health by providing access to biochemical and genomic information.

对做系统发育的我们来说就是上传、下载以及分析自己分子数据的地方。

这里说下载数据

我们下载一般的核苷酸数据，在搜索框左面的All Databases中选择Nucleotide，然后在搜索框内编辑要查找的。

比如我们要下载禾本科的叶绿体基因组数据，我们可以输入：Poaceae chloroplat complete genome，点击Search之后，出来的结果可能并不都是叶绿体数据，我们在出现在左边的项目栏里点击特定的选项，这里我们点击Genetic compartments 下面的Chloroplast，网站会自动筛选出叶绿体数据。

我们随便点进去一个，就会出现下面的页面：

我们看到在确切信息Paspalum ionanthum chloroplast, complete genome下面有一个：

GeneBank：MG524002.1

这里的MG524002.1是这条基因序列在GeneBank中的编号（accession number）。GeneBank，顾名思义，就像一个基因银行，但和真正的银行不同的是，基因银行存储的基因序列是所有人共享的，可以自由上传和下载。上传的人可以更改这条序列的相关信息，但是编号是不变的。

那我们如何下载这条序列呢？

点击Send to右边的倒三角，按图中给出的提示选择，Format（格式）建议选择GenBank，然后点击Create File，就可以进行下载。

当我们下载多条序列时，我们也可以在上一个界面中，点击要下载的item（序列项目）前面的方括号，然后点击右上角Send to，同上面单条序列一样。

当我们有大量的序列需要下载（已经有这些序列的序列号accession number了），我们可以进行批量下载。

批量下载有两种办法：

NCBI有官方的途径：Batch Entrezhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

操作比较简单，首先我们准备一个含有accession number的.txt格式的文件，

然后在Batch Entrez界面上面的工具栏中，Database选择相对应的数据库，File选择我们准备好的.txt文件，然后点击Retrieve（检索），出现下面的页面，

点击最下面一行Retrieve records for...，然后进入这个页面，

不用选择items前面的方块，直接点击右上Send to，同之前的操作一样。

另外推荐一个好用的软件TBtools（批量下载只是TBtools其中很小的一个功能）：

下载网址：https://github.com/CJ-Chen/TBtools-Manual

点击上图中绿色方框Clone or download，然后选择Download Zip

可以安装在windows系统，安装好打开，按图中的提示点击，

出现下面的界面以后，既可以在空白区域直接粘贴编号，也可以点击空白区右边的蓝色长方形上传包含编号的文件，在下面的Set Output File设置文件下载的路径。