经验分享
LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator,可以翻译为大规模原子分子并行模拟器,主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作,一般来讲,分子动力学所涉及到的领域,LAMMPS代码也都涉及到了。
现有的有关lammps的安装教程无论在windows系统还是linux系统都较为复杂,笔者在初步学习lammps的使用时,从该软件的手册中看到有一种适用于初学者的简单安装方法,故在此整理,更多细节请自行查看lammps manual。
准备内容
CentOS系统,具有openmpi fftw等lammps基本依赖的运行环境。
lammps安装包,lammps-stable.tar.gz,请自行从lammps官网下载
Cmake 版本大于 3.10
构建lammps
将lammps安装包解压后,进入所在文件夹,新建一个名为build文件夹,并在此文件夹内构建lammps。
cd lammps #change to the LAMMPS distribution directory
mkdir build; cd build #create and use a build directory
cmake ../cmake #configuration reading CMake scripts from ../cmake
cmake --build . #compilation (or type "make")
这将创建一个名为build的文件夹并将其更改为build,然后运行配置步骤为默认构建命令生成构建文件,然后启动该构建命令来编译LAMMPS。在配置步骤中,CMake将尝试检测是否支持MPI、OpenMP、FFTW、gzip、JPEG、PNG和ffmpeg,并启用相应的配置设置。在界面上可以看到配置的进度
最后我们看到窗口里面提示已经生成了lmp文件,这说明lammps已经初步构建完成。此时build文件夹内文件如下。如果编译成功,最终将生成一个库liblamps.a和LAMMPS可执行文件lmp
随后可进行进一步的安装(可选)
make install # optional, copy compiled files into installation location
将build文件夹所在路径添加到环境变量中,lammps就可以快捷执行了。
Cmake 方法的主要优势
使用CMake有许多优点,特别有助于那些在编译软件方面经验有限的人,或者那些想要修改或扩展LAMMPS的人。
•CMake可以检测可用的硬件、工具、功能和库,并相应地调整LAMMPS默认构建配置。
•CMake可以为不同的构建工具和集成开发环境(IDE)生成文件。
•CMake支持自定义设置文本模式或图形用户界面。不需要了解文件格式或复杂的命令行语法。
•所有启用的组件都在一个构建操作中编译。
•自动依赖跟踪所有文件和配置选项。
•支持真正的源代码外编译。使用不同选择的LAMMPS包、设置或编译器,可以从同一个源代码树并发地配置和构建多个配置和设置。
•为Linux发行版、环境模块或自动构建工具(如Homebrew)简化LAMMPS的打包。
Cmake 的安装
大多数Linux发行版通过它们的包管理系统提供预编译的cmake包。如果您没有CMake或最新版本
(注:适用于CentOS 7.x需要启用EPEL存储库),
可以从https://cmake.org/download/下载最新版本。关于如何在不同平台上安装它的说明可以在这个页面上找到。
更多细节请自行查看lammps manual。
愿有所成
IEchoQ
引喻失义 妄自菲薄