本期内容为[R语言可视化-精美图形绘制系列]--显著性箱线图
花费一点时间整理出来的，还是比较粗糙，主要的问题还是主题颜色，因此如有你好看的主题颜色，可以留言分享哦！！
是小杜好友的可以直接和小杜索要源代码和实例数据，我希望的是：交流（Communication）！！
欢迎来扰！！不要客气，要不你的加友费浪费了哦！
代码部分：
1. 此部分可看我们的个人喜好进行设置，是可选项。
## 自定义主题
top.mar=0.2
right.mar=0.2
bottom.mar=0.2
left.mar=0.2
## 合并上面的参数，将其合并成mythemel
mytheme1 <- theme(panel.background = element_blank(),
axis.ticks.length=unit(1.6,"mm"),
plot.margin=unit(x=c(top.mar,right.mar,botton.mar,left.mar),
units="inches"))
#自定义主题2；
#隐藏纵轴，并对字体样式、坐标轴的粗细、颜色、刻度长度进行限定；
mytheme2<-theme_classic()+
theme(text=element_text(family = "sans",colour ="gray30",size = 12),
axis.line = element_line(size = 0.6,colour = "gray30"),
axis.ticks = element_line(size = 0.6,colour = "gray30"),
axis.ticks.length = unit(1.5,units = "mm"),
plot.margin=unit(x=c(top.mar,right.mar,botton.mar,left.mar),
units="inches"))
2. 导入数据
librar(tidyr)
library(ggplot2)
library(ggthemr)
library(tidyverse)
library(dplyr)
library(ggpubr)
library(devEMF)
library(ggsignif)
##--
d2 <- read.csv("input_01.csv", header = T)
head(d2)
## 用one way anova计算 p value
pvalues <- sapply(d2$gene, function(x) {
res <- aov(expr ~ stage, data = subset(d2, gene == x))
summary(res)[[1]]$'Pr(>F)'[1] #
})
pv <- data.frame(gene = d2$gene, pvalue = pvalues)
##-----------------------------------------------------
gene pvalue sigcode
1 mRNA_01 0.009434952 **
2 mRNA_01 0.009434952 **
3 mRNA_01 0.009434952 **
4 mRNA_01 0.009434952 **
5 mRNA_01 0.009434952 **
3. 绘图
ggplot(d2, aes(gene, expr, fill=stage)) +
geom_boxplot() +
geom_text(aes(gene, y=max(d2$expr) * 1.1,
label=paste("p = ",round(pvalue, 2))),
data=pv, #
inherit.aes=F) +
xlab(NULL)+ylab("Relative expression (log2)")+
## 更改主题
theme_classic()+ ##根据自己的喜好更改
## 添加颜色
scale_fill_brewer(palette = "Dark2")+ # Accent, Dark2, Paired, Pastel1, Pastel2, Set1, Set2, Set3
## 更改字体大小
theme(text = element_text(color = "black",size = 12),
axis.text.x = element_text(color = "black",size = 12),
axis.text.y = element_text(color = "black",size = 10))
往期文章（总汇）
01-[R语言可视化-精美图形绘制系列]--精美火山图
02-R语言可视化-精美图形绘制系列--柱状图
03-R语言可视化-精美图形绘制系列--功能富集分析
04-R语言可视化-精美图形绘制系列—多组GO富集可视化
05-[R语言可视化-精美图形绘制系列--堆积图]
06-[R语言可视化-精美图形绘制系列--组间相关性分析]
07-[R语言可视化-精美图形绘制系列]--Mental分析
08-[R语言可视化-精美图形绘制系列--复杂热图+两图渐变连线]-【转载】
09-[R语言可视化-精美图形绘制系列--桑基图（Sankey）]
10-[R语言可视化-精美图形绘制系列--柱状图误差线标记]
11-跟着NC学作图 | 柱状图与相关性图
12-[R语言可视化-精美图形绘制系列--GO、KEGG富集通路关联图]
13-[跟着“基迪奥生物学”作图]--截断图
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小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料！