可视化绘图软件Multi-omics Visual之韦恩图绘制

      韦恩图应该是最最常见的一种图了吧。然而，即使是这么简单的一种图，可能仍然需要许多湿实验用户去通过一两行代码实现。而这一两行代码的实现可能需要的是七八分钟乃至更久。如果用户使用其他在线平台的话，大概率需要注册攒积分或者付费才能使用。免费的绘图网站则无法实现调参功能，或者数据量受限。本推文为了解决用户这一痛点，写了一个可视化绘图软件Multi-omics Visual，用户只需要一次安装好，后面绘图即可通过点击实现。那么开门见山，下面直接介绍如何进行绘制吧。

      PS：因为本软件是用python脚本撰写，调用了部分依赖包，用户首次使用需要安装python以及对应的包，安装之后便可永久使用。安装部分可以参考之前的推文《高效绘图小工具：Multi-omics Visual》。界面部分的话考虑到后期pyQt5使用需要授权，为避免后期出现问题，所以采用了python最原生的tkinter包撰写，此部分详见《Multi-omics Visual软件之一点思考》。所以GUI部分还有待进一步提升，后期也会持续改进哈。

一 韦恩图绘制

      1、安装好我们的软件之后，首先第0步需要做就是打开软件界面。

图1 打开韦恩图绘制界面

      我们的示例文件内容如步骤1。当用户准备好文件之后，即可通过步骤2，即直接将文件拖入对话框，内容即会被软件读取。

图2 读取文本文件

        考虑部分用户会使用excel文件存储数据，在使用本软件时，需要将excel内容转换为文本内容，所以本软件也开发了excel文件读取模块（有没有很贴心，此处应该有掌声，嘿嘿），通过点击‘load excel’按钮，即实现步骤3，弹出对话框，对话中包括sheet num、Row from、Row to、Col from、Col to几个文本框，分别表示读取excel的表格数（sheet num）、行的范围（起始：Row from、终止：Row to）、列的范围（起始：Col from、终止：Col to）。如果excel的表格数的表格数为-1，则默认读取首页表格的所有内容，如本文所示。在设置excel文件的表格设置之后，将excel文件按照步骤5拖入对话框，随后点击‘ok’按钮，即可实现步骤6的文件读取。

图3 读取excel文件

        需要注意的是，本软件在绘制图片时，需要点击‘Adjustment para(need open when plot)’，通过步骤7打开对话框，否则程序无法绘制韦恩图（算一个小bug吧，暂时没有精力继续修改）。最后，点击‘start’按钮，即可打开韦恩图界面，如图5所示。

图4 绘制韦恩图

       本软件的一大优化就是用户友好。使用本软件的用户可以通过调参1（步骤9）和调参2（步骤10）完成韦恩图内标签大小的绘制，随后，点击对话框内的‘ok’按钮，或者主界面的‘start’按钮，都可以完成图片的美化工作。

二 惯例小结

        其实，现如今虽然也有其他编程语言如java、R等编写的可视化分析软件。但是，这些软件存在一些不足的地方，即并无法像python一样，充分利用编程语言内丰富的生态的环境（也有些大神是可以规避这些缺点的，此部分不在讨论范围）。本软件通过搭建纯python实现的一个绘图优化的框架，可以实现python包的充分利用（在尊重别人的知识产权的前提下），实现无需编码的绘图可视化工作。相信这些工作的开展可以将绘图可视化的壁垒进一步打破，让用户更专注于生物学问题，外加多发文章。也欢迎大家搜索V信，公众，号：生信小院，其中分享了更多了与生信学习的相关信息，欢迎大家阅读。

 最后，本软件与Multi-omics Hammer软件一起搭配使用效果更佳。文末是本公众号在其他平台的账户，也欢迎大家关注并多提意见。

最近github登录不上去，就先用这个releases功能发布软件吧，欢迎大家下载，使用并提出意见。

Multi-omics Visual软件下载地址：

https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.02