生信学习Day5-森森

生信学习第5天，昨天学习Rstudio基本操作后，今天继续学习R语言的向量、数据框。

以下内容来自微信公众号生信星球

向量

1. 标量和向量的区分

• 标量：一个元素组成的变量
• 向量：多个元素组成的变量
• 元素：指的是数字或者字符串（用chr表示）
  一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。
  使用时，一般都会直接给变量定义，即“赋值”，字面意思是赋予这个变量一个数值（或者字符串/数据框等等）。
  常用的向量定义写法
  x<-c(1,2,3) ：意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量
  x<-(1:10) ：从1-10之间所有的整数
  x<-seq(1,10,by = 0.5) ：1-10之间每隔0.5取一个数（注意这里是逗号不是分号）
  x<-rep(1:3,times=2) ：1-3 重复2次
  如果这几行代码都打过，那么x就被赋值了4次，结果就是，第一次赋值被第二次的覆盖，第二次的赋值又被第三次的覆盖，以此类推，以最后一次为准。

2. 从向量中提取元素

• 根据元素位置

x[4] ：第4个元素
x[-4]：排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]：第2到4个元素
x[-(2:4)]：除了第2到4个元素
x[c(1,5)] ：第1个和第5个元素

• 根据值的大小
  x[x==10]：等于10的元素
  x[x<0]：小于0的元素
  x[x %in% c(1,2,5)]：存在于向量c（1，2，5）中的元素

数据框

1. 读取本地数据

将示例数据放在RData文件夹里
read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)：读取文件，分隔符为Tab，有表头
a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)：把这个数据框赋给一个变量a

2. 设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt')：在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X)：查看列名
rownames(X): 查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet": 有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1): 最后row.names的意思是修改第一列为行名
如果数据框改错了，可以read.table命令重新赋值一遍就可以覆盖掉

3. 数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F): 分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带双引号）

4. 变量的保存与重新加载

save.image(file="bioinfoplanet.RData"): 保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData"): 保存其中一个变量
load("frame1.RData"): 再次使用RData时的加载命令

5. 提取元素

X[x,y]: 第x行第y列
X[x,]: 第x行
X[,y]: 第y列
X[y]: 第y列
X[a:b]: 第a列到第b列
X[c(a,b)]: 第a列和第b列
X$列名：只可以提取1列（不用写括号，并且支持Tab自动补全）

6.直接使用数据框中的变量

• 提取某两列作散点图
  c <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50))
  > plot(cScase,cSvalues) (S其实是$,里面打不出来）
  这种方法有个缺点：数据框名在代码中重复出现

高效方法

1. attach
   attach(c)
   plot(case,values)
   将数据框名添加到搜索环境中：attach（c）,作图时就只需输入列名(连$都不用了)。
   做完后删除出搜索环境 detach（c）
   局限性：两个以上数据框的列名有冲突，同时attach会报错。
2. with
   with(c,{
   +plot(case,values) (+与plot之间有空格键)
   x<<-summary(values) 求和并赋值给x,<<作为全局变量，y也就是出了with循环仍有效。
   })
   x ：运行完后打印x

脚本的使用和保存

将上面的代码复制（手打更好）到一个新的R脚本中，然后保存到工作目录下，脚本文件的后缀就是R。