生信零基础 Day6 by Sure栗子

继续R学习-R包的简单应用

以下资源均来自“生信星球公众号”

R包及其小抄

• R包是别人写好的封装好了的命令包，有各种各样的用途。
• 用途的说明书叫做cheatsheet，也就是小抄。跟着小抄加例子熟悉每一个R包
• 小抄的获取方式包括：搜索引擎+包名；上Rstudio自行下载

https://rstudio.com/resources/cheatsheets/

今日学习数据框整理包-tidyr

• 它能够做到如下功能，是数据处理的基础
  （1）数据框的变形
  （2）处理数据框中的空值
  （3）根据一个表格衍生出其他表格
  （4）实现行或列的分割和合并

• 安装
  利用以下命令查看是否已经安装和安装这个包

> library(tidyr)
> install.packages("tidyr")

• 挂代理（补充内容）
  我的网速这次还行，但是保不准。这里贴上来经验，以防万一
  
  挂代理步骤.png
  
  
  挂代理步骤2.png

正在安装tidyr包.png

• 载入tidyr包的时候发现他要求最新的R程序，所以升级R程序
  

  程序包和R版本不符合.png

• 更新R程序，用以下代码可以在Rstudio中更新，很方便
  期间会有各种选择，包括用Rgui升级啊，是否迁移旧R里的包啊，是否留存旧R数据啊，自行根据需要选择就行

install.packages("installr")
library(installr)
updateR()

更行R.png

正在更新R程序.png

更新成功.png

• 载入tydir包就没有问题了
  

  tidyr没有再报错了.png

• 新建数据框的基础操作
  给数据框来个小a的名字

a<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))

其中

1. rep，重复，括号中填要重复的字符和重复次数。
2. paste，连接两个字符串，括号要填两个代连接字符并指定分隔符
3. sep，没有分隔符就填sep=“”
4. 1：3表示从1到三。如需一列中需要填入三个无规律的数字，可以用向量c(1，3，4)
5. 同样如果填的是字符串也需要加双引号，例如c("doudou","huahua","xiaoyu")
   建出来是这样的
   
   建出来的数据框.png

• 使用tidyr
  1.聚合与拆分数据框
  gather和separate命令

gather(table4a, `1999`, `2000`,key = "year", value = "cases") 
spread(table2, type, count)

小抄上的gather.png

自己操作的情况，需要注意生成的数据框是什么样子就原封不动的输入什么样子，这里的1999变成了“X1999”要注意

gather应用.png

2. 处理丢失数据

drop_na(x, x2) 
fill(x, x2) 
replace_na(x, list(x2 = 2))

丢失数据小抄.png

自己操作的情况

删除、填充、替换数据.png

********生信小花吐血推荐的命令：***********
X<-read.csv('doudou.txt')
这个命令支持R及Excel，默认参数好，转换txt不会乱码，强烈推荐。我现在就是有点不明觉厉

“可能别人不会这么教，但我在这里之所以选择了csv，是因为这个神奇的支持R和Excel，默认参数好的很（默认分隔符是“，”，导出时也不会默认加引号。如果你用read.table试试就知道默认参数多笨了），并且转换txt也不会变乱码！（我自己发现的，想夸我千万别忍着）”
在这里补充下csv的导入和导出方式。(默认参数好，学R没烦恼)——生信小花

导入：X<-read.csv('doudou.csv')
导出：write.csv(X,'doudou.csv')

3. 拓展数据
   complete(X,nesting(X1),fill = list(X2="happy"))
   
   拓展数据小抄.png
   
   这里，nesting后面括号里就是不变的列，可以多写几个；fill=list后面就是要填充的那一列
   我的应用情况：
   
   补全数据框.png

4.分割单元格

separate(table3, rate, into = c("cases", "pop"))
separate_rows(table3, rate)

分割单元格小抄.png

自己的操作情况：

分割.png

5.合并单元格

unite(table5, century, year, col = "year", sep = "")

合并单元格小抄.png

我自己的情况：

合并单元格.png