day17ChIP-seq软件安装

一、conda

昨天知道网管已经给我们安装了很多软件在服务器上，今天看了一下，发现我们只要export调用就行。从前我自己安装了miniconda，然后就一直报错。。是不是也可以用网管的版本。
于是一番尝试，终于成功啦。

# added by anaconda 
export PATH="/data/software/anaconda2/bin:$PATH"

输入conda就可以看到简介信息啦。再次感谢大牛网管，默默为自己之前非要自己安装的愚蠢行为哀悼。但是也不能说没有用处，至少知道了安装的过程嘛。

二、FastQC软件（更新：安装运行day18日日记为准，遇到各种java错误，命令错误，比如~后面没有写/；比如=后面多了个空格。）

测序数据质控工具FastQC，它可以评估这些序列的质量并给我们出具一份报告，便于我们对测序结果有一个整体的把控，为后续的数据处理提供依据。

2.1 安装

从conda安装，或者直接调用IBMS网管大神安装好的行不行啊。
果然在根目录下，software文件夹下找到已经安装好FastQC。只要export一下就行了。。再一次幸福。

2.2 使用

fastqc -O ~/fastqctemp xxx.fastq
-o --outdir FastQC生成的报告文件的储存路径，生成的报告的文件名是根据输入来定的 .

批量处理文件的时候：

datadir=~/ChIP-seqtest/data/
ls $datadir/*fastq.gz | while read id
do
fastqc -O $datadir/fastqc $id
done 

打算跑一下今天新下载的这几个文件SRR620204.fastq.gz～SRR620209.fastq.gz。
但是报错，说datadir设置的有问题，不认识。。。
所以改了一下，把路径都完整的写上了。

ls ~/ChIP-seqtest/data/*fastq.gz | while read id
do
fastqc -O ~/ChIP-seqtest/data/fastqc $id
done