zq_Shen
zq_Shen

多序列建树鉴定物种

1. 参考分类学文献选取序列

2. 按不同保守序列整理在对应txt文件中

主要分为ITS, LSU, TEF, RPB2

3. 逐个使用在线版MAFFT

MAFFT alignment and NJ / UPGMA phylogeny

上传序列后勾选如下参数

多序列建树鉴定物种_第1张图片

多序列建树鉴定物种_第2张图片

 提交后，下载 fasta format 文件并重命名

多序列建树鉴定物种_第3张图片

4. 用 bioedit 修剪多余序列

科学网—BioEdit 7.0.5.3安装、多序列比对及结果导出 - 王永杰的博文

Bioedit 使用_韩建刚（CAAS-UCD）的博客-CSDN博客

逐个修剪后保存为its.fas, lsu.fas, rpb2.fas, tef.fas

再分别用 mega7 打开，逐个粘贴至一个its.fas文件中，并重命名为 its_lsu_rpb2_tef.fas

5.用 raxml 建树

勾选外群

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