计算样本免疫细胞和微环境评分工具

//研究背景//

肿瘤微环境是肿瘤组织或细胞所处的细胞环境，它由免疫细胞，间充质细胞，内皮细胞，具有炎症介质和细胞外基质（ECM）分子[1-2]。在肿瘤微环境中，免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且已被证实对于肿瘤的诊断和预后评估具有很大价值[3]。

目前计算免疫评分R包有多种，但是面对生信小白来说有以下几个问题：

第一、R包种类过多 刚入门的话面临选择困难，无法结合自己研究的癌种选择合适的计算方法。

第二、编程基础相对薄弱 R程序包原始安装文件大多数在国外服务器上，R包安装和配置过程相对繁琐，耗时耗力，难以将函数返回的结果文件处理成后面程序的输入文件。

对于小白党遇到的问题，我们公司研发了一个新的平台，该平台根据团队多年的项目经验和最新的研究进展，帮助新手从众多的免疫评分计算方法中选择了3种最常用的方法（即CIBERSORT[4]、MCPcounter[5]、estimate[6]），并进行可视化。

用户只需提交表达矩阵，选择合适的参数，点击鼠标即可完成对所有样本的免疫评分分析。

//操作方法//

1.打开网址：http://sangerbox.com/Tool点击“计算样本免疫细胞和微环境评分工具”即可进入分析界面。

2.输入数据类型：一个表达矩阵，行为基因表达值，列为样本名称，如下图所示：

点击添加图片描述（最多60个字）编辑

3.设置参数

点击添加图片描述（最多60个字）编辑

4.结果展示

点击添加图片描述（最多60个字）编辑

//参考文献//

[1] Hanahan D, Weinberg RA. The hallmarks of cancer. Cell. 2000; 100:57–70

[2] Hanahan D, Coussens LM. Accessories to the crime: functions of cells recruited to the tumor microenvironment. Cancer Cell. 2012; 21:309–22.

[3] Jia D, Li S, Li D, Xue H, Yang D, Liu Y. Mining TCGA database for genes of prognostic value in glioblastoma microenvironment. Aging (Albany NY). 2018;10(4):592–605.

[4] Newman A M , Liu C L , Green M R , et al. Robust enumeration of cell subsets from tissue expression profiles[J]. Nature Methods, 2015, 12(5):453-457.

[5] Becht, E., Giraldo, N.A., Lacroix, L. et al. Estimating the population abundance of tissue-infiltrating immune and stromal cell populations using gene expression. Genome Biol17, 218 (2016).

[6] Yoshihara K, Shahmoradgoli M, Martínez E, et al. Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data. Nat Commun.