王忱在荆州三年，于太元十七年(392年)十月，病死任上。孝武帝属意王恭接任，而司马道子所掌控之尚书台欲推王国宝继任。
桓玄侦之，觉王恭刚直，甚于王忱，自己更难伸展抱负，闻黄门侍郎殷仲堪亦有此意，觉仲堪柔弱易制，遂送厚礼托尼姑妙音运作此事。
孝武帝正为荆州人选犹豫不决，礼佛之时便将此事问于妙音，妙音双手合十道：“贫尼本不问俗事，然为陛下解忧，姑且说之。贫尼听闻外间谈者皆云殷长平才智过人，可堪大用，因其思虑深远，人情练达，正为荆楚所须。不为桓氏所忌，西镇由此可得安宁。”
孝武拈须思考半响道：“大师所言极是，正合朕意。”
殷仲堪，为陈郡长平(今河南西华)人，与谢氏同属一郡。其祖父殷融，为太常寺卿、吏部尚书。其父殷师，任骠骑谘议参军、晋陵太守、沙阳男爵。殷仲堪能清言，善属文，自云三日不读《道德论》，便觉舌根僵硬。其清谈义理与韩康伯齐名，文人雅士皆爱慕之。谢玄镇京口时，以其为长史，甚为亲厚。
其父久病积年，仲堪衣不解带，自学医术，究其精妙，常年执药拭泪，一目遂眇（眼瞎）。后父终去，居丧期间，哀痛过度，大伤身体，故此以孝闻于世。
丧服期满，孝武帝召其为太子中庶子，甚相亲爱。此前仲堪父曾患耳聪（耳朵过于敏感），闻床下有蚂蚁蠕动，与人说有二牛相斗，人故传为笑谈。
孝武帝也曾听到此奇闻，而不知其人是谁。一日，闲谈间想起此事，便问仲堪道：“患此奇病者为谁？卿知否？”
仲堪流涕而起道：“臣进退维谷，不知如何对答。”孝武帝恍然大悟，殷仲堪为父病讳，又不能失礼于皇帝，故有此答。孝武帝面有愧色道：“不知者勿怪！”殷仲堪再拜谢。由是孝武帝更重视其人，复领黄门郎（皇帝秘书），恩宠有加。
孝武帝曾秘示殷仲堪自己所做之诗，道：“请君品评，然卿勿以己才而笑朕不才。”殷仲堪看后施礼道：“微臣不敢，恕臣无礼，陛下遣词可为中上，然驭人为上上。”
孝武道：“卿过誉耳。”君臣二人相视大笑。
于是，孝武帝不待道子所掌之吏部铨选，诏授殷仲堪为都督荆、益、宁三州军事、振威将军、荆州刺史、假节，镇江陵。仲堪赴任之时，孝武帝又拉着他的手道："爱卿此去，山高水远，不知何日相见，一念至此，不觉心酸。朕常言卿在朕侧，当永为庙堂之宝，而今忽为荆楚之珍，人生变幻如此，实令人慨叹！”殷仲堪也是相对泣下，其恩遇亲密如此。不料一语成谶，殷仲堪此去再无与孝武帝见面。
殷仲堪既赴荆州，正值水患，粮食歉收。于是他厉行节俭，菜不过五盘，饭粒脱落盘席间，仍拾起啖之。虽说是以身作则，表率群下，也是缘于其本性纯真简朴。他常于左右道：“勿以我受任一方大员，以为已遂平生之志，放任自流。其实今日所处愈加不易。安贫乐道，乃士之本常，焉得登枝而损其本！尔曹切记之。”
桓氏在荆楚经营数十年，盘根错节，势力庞大。桓玄虽仅袭爵南郡公，并无实职，优游无事，然甚豪横，荆州刺史殷仲堪因其所立，甚敬畏之，而士庶畏之过于仲堪。
桓玄在江陵，有次曾于殷仲堪刺史府中堂前骑马舞槊，显示武艺，殷仲堪立于廊下观看，不时拍手叫好，桓玄转过马头，突然一槊刺向仲堪，仲堪猝不及防，慌忙闪避，狼狈不堪。桓玄在马上哈哈大笑道：“我辈当以此定天下，都督岂太过文弱乎？”
仲堪下属中兵参军刘迈时在坐，起身正色道：“南郡马槊有余，义理不精，匹夫之勇，难称国士。”
桓玄自以雄才冠世，从未有人敢当面对其品评，闻言大怒，跃马挺槊直刺刘迈，口中大叫：“小吏安敢轻我！”刘迈慌忙躲开。殷仲堪急忙上前劝解。桓玄这才悻悻而退，口中仍骂不绝口。仲堪为之失色。及玄出，仲堪对刘迈道：“卿真乃狂士也！桓玄素豪横不法，朝廷尚不能御之。我观其甚恨卿，若其夜遣人杀卿，我岂能相救！”
刘迈道：“若迈以正言死之，不为悔。”殷仲堪再三劝之，刘迈才答应离开荆州赴京城以避之。事不宜迟，刘迈当夜便出发赶赴建康，桓玄果然派门下刺客连夜追击，杀其随从，刘迈仅以身免。
刘迈字伯群。少有才干，为刘毅兄，与刘毅同在京口赌射之时与刘裕订交。
当初，王忱去世，荆州刺史一职由谁接任，尚未有诏，朝中清贵皆虎视眈眈。殷仲堪虽掌机要，甚得朕心，然资望尚浅，诸公皆不以为意。
尚书左仆射王珣亦属意此职，以为以己才望，此位非己莫属。王珣曾私下问询殷仲堪，孝武帝究竟属意何人，其实孝武已定仲堪，只是诏书未发，仲堪不便明说，只是支吾应付道：“荆州为上游之重，非老成谋国之人镇之，不可行也。陛下慎之再三，不能决也。正与骠骑（指司马道子）熟议之。”
及诏命一出，朝野哗然，王珣对左右叹道：“自古焉有黄门郎受此重任!国中岂无人也？仲堪受命荆州，乃亡国之兆。”
王珣字元琳，为东晋开国元勋宰相王导之孙。王珣弱冠之时，曾与谢玄为大司马桓温僚属，俱为桓温所敬重，桓温曾品评二人道：“谢掾（副官）年至四十，必拥旄杖节（统领大军）。王掾当作黑头公（头发尚黑，已至三公）。皆为不世之才。”王珣后转任主簿。其时正当桓温经略中原，大举北伐，竟无宁岁，军中机要等事并委王珣。桓温帐下文武数万人，皆识其面。后王珣随桓温从讨袁真，因功封为东亭侯，转大司马参军、中军长史、给事黄门侍郎。
王珣、王珉兄弟皆为谢氏婿，以猜嫌致隙。太傅谢安既与珣绝婚，又离珉妻，由是王谢二族遂成仇衅。谢安曾命王珣为豫章太守（妨害太守之地，可见谢安恨珣之深。），王珣不去上任，后迁秘书监，再迁侍中，孝武深为倚重。后转辅国将军、吴国内史，在吴郡甚有政声，为士庶所悦。后征为尚书右仆射，领吏部，转左仆射，加征虏将军，复领太子詹事。
及谢安卒，王珣闻之，便来吊丧，先去拜访其族弟王献之，献之为书圣王羲之子，也善书，世人并称二王。王献之时为谢安卫将军府中长史，谢安生前十分器重于他。王珣此次前来也是来探听一下口风。
王献之正卧病在床，其人信奉天师道，道长孙泰正为他做法祈福，问其此生有何得失，写于黄纸之上，画符焚烧后，再祷告上天，便可祛病延年。献之思忖半晌，神色黯然道：“此生无愧于人，惟忆与郗家离婚之事。”
王献之人物风流，又善书，为一时之冠，曾娶郗道茂为妻，伉俪情深。简文帝三女新安公主仰慕已久，自与桓温子桓济绝婚后，便哀求皇帝把她嫁与王献之。简文帝爱女心切，于是下旨让王献之休掉郗道茂，再娶新安公主。王献之深爱郗道茂，为拒婚曾用艾草灼伤自己双脚，故其后半生常患足疾，行动不便，风流不再。然仍无济于事，新安公主痴情不改。王献之只得忍痛休了郗道茂。郗道茂父亲郗昙已死，被休后只好投奔伯父郗愔，寄人篱下，再未他嫁，生活凄凉，郁郁而终。
王献之与新安公主生女王神爱，后嫁白痴皇帝晋安帝，一生颠沛流离，郁郁寡欢，无儿无女。世家大族婚姻也令人慨叹。
王珣见到献之后，小心翼翼问道：“我今日前来欲哭吊谢公，弟以为可否？”王献之闻言，连忙硬撑着起身，惊喜道：“众人正翘首盼望法护前来，有何不可。”法护乃王珣小字。
于是王珣直接来到府中吊唁，府中管事上前拦住道：“谢公生前未见此人来过，不可擅自上前吊唁。”王珣一言不发，并不理会，径直走到灵前，哭拜于地，哭得十分悲痛，闻者无不落泪，众人十分诧异：“素闻王谢二公不和，今日见他哭得如此伤心，想来是外间谣传罢了。”
然王珣走时也未曾和谢安孝子谢琰握手致礼，可见两家嫌隙之深，王珣对谢安去世纯粹出于敬重惋惜之情。
孝武帝雅好典籍，王珣与殷仲堪、徐邈、王恭、郗恢等并以才学文章见遇于帝。又道子既为皇太妃所爱，亲遇同家人之礼，遂恃宠乘酒，时失礼敬。帝益不能平，然以太妃之故，加崇礼秩。于是孝武帝陆续任命王恭为兖州刺史，殷仲堪为荆州刺史，郗恢为雍州刺史，王珣为尚书仆射，王雅为太子少傅，内外相应，拱卫皇权，而潜制道子也。
郗恢字道胤，太尉郗鉴之孙，北中郎将郗昙之子，郗道茂之兄。少袭父爵东安县伯的爵位，任散骑侍郎，累迁给事黄门侍郎，领太子右卫率。恢身长八尺，美鬓髯，孝武帝深器之，以为有藩伯之望。恰逢朱序已年老体弱上表去职，故提拔郗恢为都督梁、秦、雍、司、荆扬、并等州诸军事、建威将军、雍州刺史、假节，镇襄阳。郗恢甚得关陇之和，降附者动有千计，曾献玉玺，上书往救西燕慕容永，未出兵，而西燕亡。
淝水之战，朱序立下大功，归晋后，朝廷授任朱序为龙骧将军、琅邪内史。 后改任都督扬州、豫州等州军事，豫州刺史，屯兵洛阳。后谢玄病重，朝廷又任命朱序为都督兖、青二州诸军事，兖、青二州刺史，代替谢玄镇守彭城，后又转任雍州刺史，驻洛阳，于西燕，翟辽等战，屡立战功。
后朱序以年老多病，屡次上表请求解职，朝廷均不许。太元十七年(392年)十月，朱序再度上表朝廷请求辞职，朝廷下诏拒不接受所上表章，于是他擅自离任归乡。数旬后，廷尉根据律法要将他治罪，朝廷诏令宽赦不加追究。太元十八年（公元393年）卒，赠左将军、散骑常侍。
司马道子倚王国宝，及国宝堂弟琅琊内史王绪与孝武帝抗衡。由是朝廷上下朋比为奸，内斗不息。皇太妃每和解之，而道子不能改。
殷仲堪在京之时，王绪曾数次向王国宝诋毁殷仲堪，殷仲堪不堪其扰，甚为头疼，求教于王珣。王珣略思片刻道：”卿只需数次拜访王绪，去则屏退从人，无须谈论大事，只是谈些无关紧要之事，如此几番，则二王之好便可离间矣。”殷仲堪大喜过望，依计从之。
王国宝闻听后，见到王绪，问道：“向来弟与仲堪所谈何事，须屏退左右？“王绪奇道："弟也甚是奇怪，仲堪所谈，只是日常琐事，并无其他。"王国宝心有怀疑，以为王绪对己有所隐瞒，果然日后，王绪再进殷仲堪谗言，国宝不再相信。中书郎徐邈以国之至亲，唯道子而已，宜在敦穆，对孝武帝劝谏道：“昔汉文明主（指汉文帝），犹悔淮南（淮南王刘长），世祖（司马炎）聪达，负愧齐王（司马攸）。兄弟之际，实宜深慎。会稽王（指司马道子，先为琅琊王，后改为会稽王）虽沉迷酒色，然奉上纯一。宜加宽宥，消散群议，外为国家之计，内慰太后之心。”孝武帝听后，内心有所触动，复信任道子如初。时人做《云中诗》品评当朝人物，诗云：“相王沈醉（指司马道子，以藩王之尊为丞相。），轻出教命。捕贼千秋（指茹千秋），干预朝政。王恺（王国宝之兄）守常，国宝驰竞。荆州（指王忱）大度，散诞难名。盛德之流，法护（王珣小字）、王宁（王恭小字）；仲堪、仙民（徐邈字），特有言咏，东山安道（戴逵字），执操高亢，何不征之，以为朝匠？”