果蝇胚胎单细胞转录组图谱

Karaiskos N, Wahle P, Alles J, Boltengagen A, Ayoub S, Kipar C, Kocks C, Rajewsky N, Zinzen RP. The embryo at single-cell transcriptome resolution. Science 2017, 358: 194-199.

果蝇胚胎由约 6000 个细胞组成，表达不同的基因。在这里，我们使用单细胞测序精确分期的胚胎，并设计了 DistMap，一个接近单细胞分辨下，计算映射策略来重建胚胎和预测空间基因表达的算法。我们制作了一个虚拟胚胎，每个细胞有 8000 个表达基因，我们的交互式果蝇-虚拟表达-浏览器 (DVEX) 数据库生成三维虚拟原位杂交并计算基因表达梯度。我们用 DVEX 揭示转录因子和长链非编码 RNA 的模式化表达，以及信号通路成分。早期胚胎发生过程中 Hippo 信号的空间调控揭示了异步细胞增殖的机制。我们的方法适用于生成其他复杂组织的转录组学蓝图

其实这是一个shiny程序；

• 1，选择分群数量，同时以tsne图展示
• 2 ，选择基因在tsne图上的表达情况
• 3 ， 拟合出来的胚胎三维图形

我觉得这篇文章的亮点就在于他们结合原位杂交技术拟合的这个组织结构，算是提供一种新的研究套路，这个和当下的空间转录组结合起来是一个不错的选择。

DVEX