2021-05-23学习小组Day3笔记---刘波

day3-Linux环境下的软件安装

今天学习内容的思维导图

Day3思维导图.jpg

• 软件管理Miniconda
  

  最方便快捷的软件下载器，作用相当于App Store
  image
• 下载miniconda
  搜索引擎输入miniconda清华（清华的conda镜像网站）
  进入网址：
  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
  知识点：uname空格-a=查看服务器数位（64bit/32bit）
  wget空格+下载地址==下载文件到此目录下
  登录服务器后查看服务器数位，找到对应版本的最新版miniconda复制好链接，进入服务器通过命令行下载到biosoft目录下。
  命令操作如下图：
  
  image.png
  图片有错误，下载的脚本是.exe格式的，应该下载.sh格式的，否则服务器无法安装！！！
• 命令行操作知识点：
  cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft
  【意思就是拷贝doudou目录下的这个安装包到~的biosoft目录】
• 安装miniconda
  输入bash空格+下载好的安装包进行安装，过程中会提示接受条款等yes或回车进行确认。
• 安装完成后,一定记得要激活，激活命令输入 source空格~/.bashrc
  验证激活是否成功输入conda命令行，如出现满屏信息说明激活成功了，报错的话检查激活或安装过程。
  
  image.png

安装有问题，可以参考演示视频【无声版】
链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k

• 添加镜像

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车（注意理解代码的意思）

注意，下面的代码断行显示可能有问题，总共4行哈。
conda也是舶来品，之前我们一直在用的国内镜像中科大和清华被列为无授权镜像，又经历了改用官方镜像的尴尬，但后来又传来了好消息，清华源重启。
Windows用户请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，是鼠标左键和右键
Mac用户比较方便，可以直接cmd+c复制，cmd+v到Terminal/iterm2中粘贴

使用清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

准备工作完成，开始使用conda

1. 查看当前服务器上安装的软件列表--------输入命令行conda list
2. 搜索conda软件-------输入命令行conda search fastqc-------{搜索数据指控软件fastqc}
3. 安装软件 conda install fastqc -y----（-y是yes，意思是安装fastqc软件是的问题都回答yes）

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

4. 卸载软件 conda remove fastqc -y

总结

1. 服务器需要应用商店--miniconda
   2.下载miniconda 知识点 uname空格-a，，wget空格+下载链接地址，，下载脚本格式是.sh不是.exe
2. 安装miniconda bash空格+下载的文件
3. 激活 source空格~/.bashrc
4. 添加镜像，提高下载速度
   6.使用miniconda，知识点conda list conda search 软件名 conda install 软件名空格-y conda remove 软件名空格-y

• 扩展知识

conda环境 不同的项目需要不同的conda环境，这时需要有分身

• 查看当前conda环境---conda info空格--envs
  前面带*的就是默认环境

  
  
  image.png
• 创造新环境举例

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)

conda create -n rnaseq python=3 fastqc trimmomatic -y

• 创建完新环境，查看如下图，两个环境，带*的为默认环境。

  
  
  image.png
• 激活新环境
  conda activate rnaseq 输入完默认的就会转移到rnaseq前面了
  测试下新环境，输入fastqc 出现一堆信息就是说明可以使用了。
  运行conda空格deactivate*就是退出当前环境的代码
  
  image.png

知识点总结（命令行）

• Tab键 自动补全
• cd ~/biosoft 进入biosoft目录（也可cd空格b+Tab键 自动补全）
• wget空格+下载链接=下载.sh类型的安装包
• 解读
  cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft
• bash空格+下载的.sh脚本=安装软件
• source ~/.bashrc=激活conda
• 添加镜像

换个镜像试试，# 先删除原来的 rm ~/.condarc
切换镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

• conda list =显示安装的所有软件列表
• conda search fastqc =搜索fastqc软件
• conda install fastqc -y =安装这个软件并同意安装时的所有提问
• conda remove fastqc -y=卸载软件并同意
• conda info --envs=查看当前conda环境（envs前面是两个--）
• conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y=建立一个新环境叫rna-seq，然后指定Python版本是3，并安装后面两个软件，
• conda activate rna-seq=激活新环境rna-seq
• conda deactivate =退出当前环境