16S rDNA测序和宏基因组测序区别

16S测序和宏基因组测序区别

测序原理不同

16SrDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度的保守性。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp左右的序列。宏基因测序测试将微生物基因组DNA随机打断成500bp的小片段，然后再片的两端加入通用引物进行PCR扩增测序，再通过组装的方式，将小片段拼接成较长的序列。

研究目的不同

16S测序主要研究群落的物种组成、物种间的进化关系以及群落的多样性。宏基因组测序在16S测序的基础上还可以进行基因和功能层面的深入研究（GO、Pathway等）。

物种鉴定的深度不同

16S测序得到的序列很多注释不到种水平，而宏基因组测序能鉴定到种水平甚至菌株水平。对16S测序而言，任何一个高变区或者多个高变区，尽管具有很高的特性性，但是某些物种（尤其是分类水平低的种水平）在这些高变区可能非常相近，能够区分它们的特性行片段可能不在扩增区域内。红基因测序通过对微生物基因组随即打断，并通过组装将小片段拼接成较长的序列。因此，在雾中鉴定过程中，宏基因组测序具有较高的优势。

一般而言，在微生态研究中，可以结合宏基因组测序和16S测序两种测序手段，可以更高效、更准确地研究微生物群落组成结构、多样性以及功能情况。