2021-03-31小麦QTL数据库使用

小麦QTL数据库地址:http://wheatqtldb.net/

1.数据库简介

wheatQTLdb是专门用于小麦研究的QTL数据库，它包含区间作图鉴定以及GWAS鉴定QTL，同时也含有metaQTL、上位性QTL及候选基因等信息。数据库基于已有文献，用户可以下载该数据库，查找有关性状的遗传结构信息。目前该数据库针对的性状有:
(1)对非生物胁迫的耐受性(干旱/水涝/高温/收获前发芽/盐分)。
(2)对生物胁迫的耐受性(不仅包括病毒、细菌和真菌病害，还包括对线虫和昆虫侵染的耐受性)。
(3)生物强化性状(Fe/K/Se/Zn含量)。
(4)发育性状。
(5)形态性状。
(6)N/P使用效率性状。
(7)生理性状。
(8)品质性状。
(9)产量及其相关性状。

2.特定性状QTL数据下载

以产量相关耐盐性状QTL下载为例。
(1)点击QTL选择Salt stress tolerance

耐盐

(2)随后选择产量相关，点击submit即可得到已有的产量相关耐盐性状QTL。
结果中包含每个QTL的说明(如:具体位置[cM/bp],相关联的标记，候选基因和参考文献等信息)

产量相关

结果

3.QTL在参考基因组上的位置(物理图谱位置)

https://triticeaetoolbox.org/wheat/ #查标记，获取标记序列([C/T]用C或T替换)。
https://urgi.versailles.inra.fr/blast_iwgsc/blast.php # blastn确定位置,一般选第一个。
JBrowse确定标记对应的基因。
参考:https://mp.weixin.qq.com/s/b_Tc-MYsBY-DbV40amnDtw

4.基因ID转换

在2014年国际小麦测序联盟发表了基于染色体长短臂的参考基因组后，小麦注释基因经历了3个不同版本：IWGSC CSS、TGAC和17年发布的IWGSC RefSeq v1.0。不同版本注释基因之间ID转换其实我们也可自己完成，只需通过对3个版本参考基因组的注释文件两两之间gffcompare进行比较，即可获取对应ID匹配情况。

#法一:在线ID转换(有限制，不能超过100个)
http://202.194.139.32/idConvert/         #在线转ID

在线ID转换

#法二:本地转
1.下载idconvert文件(内含三个版本注释基因对应ID信息)
https://pan.baidu.com/s/1CeWJbVVCLRIFKuPU93Yc8A#list/path=%2F
2.ID转换