TBtools的开发只是为了赶课题(一)

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写在前面

今天，课题组的第一篇综述见刊了。需要重点感谢

国家“青年千人”启动基金的支持和广东省教育厅的创新团队项目的支持，课题组成员，HR编辑以及匿名审稿人在文章整理过程中提出的宝贵建议

高大上又接地气的 Horticultue Research微信公众号，已经推了一文，即《华南农大青年千人夏瑞课题组 概述了园艺作物小分子RNA研究现状》。该微信推文中，已经列出了文章中大家都比较满意的图片。这里就不加以赘述。感兴趣的朋友，可关注《园艺研究》微信公众号，或者直接跳转查看对应推文

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MTQ0MDg4Nw==&mid=2650191243&idx=1&sn=a3716bf2e0981bc15547a29350538018&chksm=872f9513b0581c053c0bf32eccfe1b67bd6c6d5debaffdd9b08e3969acbf360695acfed2b92b&mpshare=1&scene=23&srcid=09175y17RJZxOEL4uoAaGHeu#rd

当然，也可以查看文章全文

https://rdcu.be/6SsD

写这个推文，一方面，是这篇综述上，课题组和HR编辑以及审稿人都投入了时间和经历，那么应该增加一点曝光度；另一方面，是文稿中，有一张图，其实也是TBtools输出的图片，再进行细调。即，以下

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这个图片应该是TBtools相对早期版本输出的结构域信息图片了，目前看来不是太满意。不过这个图片的存在，说明了一个问题，即TBtools里面的每一个工具，可能都是课题组的一个课题需要。

进入主题

上图如何绘制，可以直接参考《历史消息》。此处简单说明如下：

1. 下载已报到的番茄ARF基因家族成员蛋白序列
2. 将序列提交到NCBI的Batch CDD Search，并得到相应图片
3. ARF上存在的小RNA靶位点（包括miRNA和phasiRNA[tasiRNA]的靶位点）
4. 进行坐标转换（因为domain是蛋白坐标，target site是mRNA坐标）
5. 将以上数据输入TBtools，即可得到图片（包括target site）
6. 打开AI或者CDR，使用剪刀形状替换domain site（类似的形状修改功能，之前已经更新，接下来我们组的某个工作中，大家应该会看到）

基于以上操作，就可以得到封面图片。这个图片的具体含义，感兴趣的，还是看《园艺研究》公众号的推文，或是文章正文。

一直在开发，也一直有朋友可能对我在做的事情有误解。这里误解的出发点，其实是关心，或者担心。因为提醒我的朋友里面，基本都是相对亲近的人，毕竟不亲近的人并不Care。他们担心的是，我总是将精力投入到TBtools或者代码里面，或者是不务正业，或者是对以后发展没有太大帮助。
其实两者都有一点，尤其后者。但其实，也都不全是。因为，确实我在工具开发上投入的时间比例不会太小。但是，几乎每一个工具的出现，都是对应了一个课题组课题的需求。

当然，一个人最可悲的是，所有人都说你做得好，做得优秀，而没有人告诉你，你哪里错了，哪里做得不好。所以，每当有人提醒我的时候，我会有一瞬间的不乐意，但更多的是感激。

写在最后

写到此处，又用去午休的三十多分钟啦。整体推文的思路有点跳跃，这可能山竹台风的影响。。T_T。。。
总的来说，全文就想说一个事情（此处借师兄的一句话）：
科研若要酷，就用TBtools。

点击原文，跳转《园艺研究》的微信推文
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MTQ0MDg4Nw==&mid=2650191243&idx=1&sn=a3716bf2e0981bc15547a29350538018&chksm=872f9513b0581c053c0bf32eccfe1b67bd6c6d5debaffdd9b08e3969acbf360695acfed2b92b&mpshare=1&scene=23&srcid=09175y17RJZxOEL4uoAaGHeu#rd