2007年林某甲出资50万让卢某某、林某某代持股“云浮市某A电力有限公司”并通过法院拍卖取得取得土地及发电机等。
2009年卢某某、林某某把“云浮市某A电力有限公司”100%股权转让给林某甲为法定代表人兼董事长的云浮某B电力开发有限公司，转让价为50万元。
2012年云浮某B电力开发有限公司把“云浮市某A电力有限公司”100%股权转让给广东某石材有限公司，阳合同50万，阴合同4400万元，其中4350万股权转让收入转入林某甲私人账户，税局只申报50万。
2017年2月15日稽查B公司2012-2013年帐435025%=约1087.5万元。
2017年3月17日对B公司做出处罚决定补企业所得税1086万元+罚1086万元+滞纳金约1000万，限期十五日缴纳上述税款、罚款、滞纳金约3200万。
2017年4月7日超15日未缴上述税款。
2017年9月6日卢某某逃税罪判有期徒刑三年，缓刑四年黄某某逃税罪有期徒刑三年，缓刑三年。
上述案例给我警示，税务违法代价极高，当事人付出了沉重的代价，今天我们探讨一下港澳台企业股权转让的涉税风险？
经了解林某甲实际上是通过香港公司100%控股国内B公司，B公司100%持有A公司股权，转让A公司名下的土地，取得4400万元。如下图：
林某甲其实可以通过转让B公司股权，或者转让境外香港公司股权，一样可以达到转让的目的，若转让B公司股权，或转让境外香港公司股权税率是10%，是非居民纳税人股权转让股权，预提所得税10%，应纳税仅有400万左右。
非居民企业纳税人股权转让一般征税规定
预提所得税为10%
依据：国税【2017】37号公告《关于非居民企业所得税源泉扣缴有关问题的公告》
1、应纳税所得额
国税【2017】37号公告《关于非居民企业所得税源泉扣缴有关问题的公告》规定，应纳税所得额=股权转让收入-股权原值。
【解析1】如何确定股权转让收入与股权原值？
以外币计价的。首先确定外币，无需换算成投资时的外币，直接按照取得或转让时外汇确定；其次确定汇率，按照三个时点之一：扣缴义务发生日、填开税收缴款书日前一日，限期缴税决定日前一日的人民币汇率中间价来确定股权转让收入、股权原值的汇率。
【解析2】享有的留存收益能否扣除？
跟中国居民企业转让股权一样，企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
【解析3】分期收款转让股权如何纳税？
对于非居民企业分期收款转让股权的，37号公告规定了优惠政策：分期收取的款项可先视为收回以前投资财产的成本，待成本全部收回后，再计算并扣缴应扣税款。换言之，纳税递延。
另外根据《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函〔2009〕698号）规定，股权成本价指股权转让人投资入股时，向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时，向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权成本价。
非居民企业纳税人股权转让享受特殊性税务处理条件
财税200959号文第七条企业发生涉及中国境内与境外之间（包括港澳台地区）的股权和资产收购交易，除应符合本通知第五条规定的条件外，还应同时符合下列条件，才可选择适用特殊性税务处理规定：
七、企业发生涉及中国境内与境外之间（包括港澳台地区）的股权和资产收购交易，除应符合本通知第五条规定的条件外，还应同时符合下列条件，才可选择适用特殊性税务处理规定：（一）非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权；（二）非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权；（三）居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资；（四）财政部、国家税务总局核准的其他情形。
八、本通知第七条第（三）项所指的居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股关系的非居民企业进行投资，其资产或股权转让收益如选择特殊性税务处理，可以在10个纳税年度内均匀计入各年度应纳税所得额。
非居民纳税人股权转让特殊性税务处理条件小结：
合理的商业目的
权益连续性原则
经营连续性原则
外——外（100%直控，预提所得税未变化，3年不转让）
外——内（100%直控）
内——外（100%直控）居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股关系的非居民企业进行投资，其资产或股权转让收益如选择特殊性税务处理，可以在10个纳税年度内均匀计入各年度应纳税所得额。
非居民个人即自然人股东转让内地居民企业股权如何征税？
外籍人士转让股权所得应按《个人所得税法》第六条规定，应纳税所得额的计算：五、财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额，税率20%。
根据2006年颁布的《内地和香港特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排》（以下简称安排）第十三条财产收益第四款规定，转让一个公司股份取得的收益，而该公司的财产主要直接或者间接由位于一方的不动产所组成，可以在该一方征税。第五项规定，转让第四款所述以外的任何股份取得的收益，而该项股份相当于一方居民公司至少25%的股权，可以在该一方征税。《国家税务总局关于〈内地和香港特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排〉有关条文解释和执行问题的通知》（国税函〔2007〕403号）第七条进一步解释，安排第十三条第四款及议定书第二条，关于转让公司股份取得的收益，如该公司的财产主要由不动产所组成，则该不动产所在方拥有征税权的规定中“主要”一词，根据议定书的规定为50%以上。对该规定暂按该股份持有人持有公司股份期间公司账面资产曾经达到50%以上为不动产理解及执行。第十三条第五款，关于转让公司股份取得的收益，该项股份又相当于一方居民公司至少25%的股权时，可以在该一方征税的规定，执行时暂按以下原则掌握：如香港居民曾经拥有内地公司25%以上的股份，当其将该项股份全部或部分转让并取得收益时，内地拥有征税权。
根据这一规定，香港籍人士持有股份居民企业不动产价值达50%，并且持有股份达25%，内地税务机关才拥有征税权。