种群遗传学的多态性衡量参数

1.影响群体遗传多样性的因素 :

群体或称种群（ population）， 在进化过程中受各种因素的影响，反映在其遗传结构上就产生了复杂的遗传构成。 这些因素包括突变（ mutation）、种群历史（ demograph ic history）、 遗传漂变（genetic drift）、 自然选择（natural selection）、重组（ recombination） 等等，他们对群体的遗传构成产生不同方面的影响。

种群历史（ demographic history） 主要包括种群扩增、奠基者效应（founder effect）、瓶颈效应（ bottleneck）、 种群缩减、分割（population subdivision）、 种群间的基 因交流（ gene flow） 等等影响种群遗传构成的因素

2.种群多态性的指标：

1）θ

  是整个群体多态性的理论值。

θ= 4Nμ ，N为有效群体大小，μ是每一代的突变率。分两个亚群作图，piwild > piculti ,表示遗传多样性的下降。

θ有两个估计值：θπ 和θω。

θw =k/a1;k表示分离位点数目，a1=1+2-1+3-1+...+n-1；θw计算方法：基于全部序列内分离位点个数；

θπ 表示群体中任意2条不同序列的平均差异，θπ计算方法：基于两两序列之间的平均距离 ；

例子：

seq1 AGCCCTTACG

seq2 AGCCCTTACC

seq3 AGCTCTTATC

seq4 ATCTCTTATC

θw = 4/(1+2-1+3-1)=2.18

θπ = (d12+d13+d14+d23+d24+d34)/6=(1+3+4+2+3+1)/6=2.33

θw对低频突变更加敏感，才有Tajima D值的算法。见下期。