bowtie2比对参考基因组（待续...）

准备文件

物种A参考基因组，以及测序文件.fastq

测序文件质控

这里用trim_galore，为什么用trim_galore，因为它可以自动检测接头，并且不只是illumina的接头，还有nextera和small_rna
首先trim_galore依赖于cutadapt和fastqc，可以参照https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore

# 检查cutadapt是否安装
cutadapt --version
# 检查fastqc是否安装
fastqc -v

fastqc已经安装好，cutadapt还没有安装

# 这里用conda来装cutadapt
conda install cutadapt

开始去接头

trim_galore -q 6 --length 16 --paired  SRRnnnnnnnn_1.fastq SRRnnnnnnnn_2.fastq -o ../work_fold/trim

可以加个--fastqc参数，这样可以生成质控报告

开始比对

bowtie2-build建立索引

bowtie2-build A_reference_genome.fa ../../index/A

确定测序文件是单端还是双端

本文参考https://www.jianshu.com/p/7a3de6b8e503