「bedtools 和bedops」报错解决

1.脚本调用bedtools 按照bin进行统计重复序列密度，调用bedtools merge：

bedtools报错：

报错信息显示起点是小于终点。查阅到报错行，文件没有问题。换用更高版本bedtools 报错信息不一样。

bedtools v2.19.1:
Error: malformed BED entry at line 1127892. End Coordinate detected that is < 0. Exiting.
bedtools v2.27.1:
$/share/nas2/genome/biosoft/bedtools/2.27.1/bin/bedtools merge -i  Eac.TE.region.txt.sort >out
Error: Invalid record in file Eac.TE.region.txt.sort. Record is 
Chr01   2147475659  -2147483539

bedtools报错解决方法：

研发给的bedtools报错原因：单个染色体长度大于2147483647，超过软件限制。

a12c50bfbe195d7c180504ce37eb18e.png

bedtools报错解决方法：
1.换用bedtops解决，但是bedops merge 结果是3列，bedtools 结果是6列，结果行数有差别。
2.将太长的染色体截断，减去1Gb再统计，最后的结果再加上。

2.下载地址

bedtools2(2021 v2.30.0)：https://github.com/arq5x/bedtools2
bedops(2022 v2.4.41)：https://github.com/bedops/bedops

3.软件安装

2.1 bedtools 安装（目前是bedtools2）

wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.30.0/bedtools-2.30.0.tar.gz
tar -zxvf bedtools-2.30.0.tar.gz
cd bedtools2
make

2.2 bedops安装(2022最新版v2.4.41)

mkdir -p /home/user/software/bedops-v2.4.41  && cd /home/user/software/bedops-v2.4.41
wget -c -t 0  https://github.com/bedops/bedops/releases/download/v2.4.41/bedops_linux_x86_64-v2.4.41.tar.bz2 
 tar jxvf bedops_linux_x86_64-v2.4.41.tar.bz2

echo "export PATH=/home/user/software/bedops_v2.4.41/bin:$PATH" >>~/.bashrc # 永久生效

参考：
https://www.jianshu.com/p/8138f3378acc