论文管理软件 Zotero 备忘

0. 前言

• 为什么要用论文管理软件？
  • 随着论文越看越多，自己使用文件夹管理感觉越来越力不从心。
  • 自己最近想要总结一下自己看过的论文，结果发现非常吃力。
  • 等待看的论文越来越多，自己使用文档管理感觉非常不方便。
• 为什么选择了Zotero？
  • 程序员天然对“开源”有好感。
  • 插件多，功能满足需求，免费。
• 需求分析
  • 我没有写论文的需求。
  • 找论文：
    • 在Arxiv或Google Scholar中寻找最新论文，在网页端添加合适论文到论文管理软件中，并下载对应的PDF。
    • 将本地PDF导入论文管理软件，获取论文元信息。
    • 从网页端添加一些blog到TODO LIST中。
  • 论文分类管理：通过多级目录或标签管理论文。
  • 笔记管理：在浏览论文的过程中，添加一些笔记。
  • 不同设备上同步：在不同的电脑中、ipad进行资源同步。
• 参考资料：
  • 官网，官方文档
    • 对我个人来说，官网与官方文档总是学习的第一选择。
  • 知乎专栏 - Zotero文献生态
    • 这位大哥在B站上上传了很多视频，如果时间充裕也可以通过视频学习。
    • Zotero支持很多插件，官网中并没有插件使用的介绍。本专栏就很好的补充了这部分内容。
    • 本专栏有很多文章，从用户使用的角度介绍了Zotero的各种内容。
• 本文主要内容
  • 第一章：基本安装与配置，包括如何下载、安装Zotero，设置本地数据存储路径，并配合坚果云实现数据同步。
  • 第二章：进阶配置，主要包括配置Markdown渲染、Sci-Hub下载、Zotfile重命名论文。
  • 第三章：基本使用，主要包括添加item、item管理、笔记系统、搜索四个基本功能。
  • 第四章：介绍如何配置PaperShip在iPad Pro上使用Zotero同步看论文。

1. 基本安装与配置

• 安装、本地存储路径配置、坚果云配置。

1.1. 安装

• 在官网下载客户端安装。
• 安装浏览器插件，比如Chrome。

1.2. 设置数据存放路径

• 默认存放在 ~/Zotero中，就是在C盘里，这个不适合我。
• 通过 首选项 -> 高级 -> 文件和文件夹 -> 数据存储位置 进行设置。

1.3. 设置坚果云同步

• 首先，注册坚果云帐号。
• 其次，在坚果云官网添加第三方应用。
  • 具体步骤是 账户信息 -> 安全选项 -> 添加应用，构建名为 zotero 的应用。
  • 注意，名称必须是 zotero。

• 最后，在Zotero中设置坚果云信息。
  • 先要注册 Zotero 帐号，然后在 首选项 -> 同步 -> 设置 中登录。
    • 密码有特殊符号、大小写、数字。
  • 登录成功后，设置文件同步方式为WebDAV，设置坚果云相关信息即可。
    • 这个密码去官网复制吧，反正记不住
    • 
• 同步设置完成后，在Zotero中点击同步，即可实现相关功能啦。

2. 进阶配置

• Markdown渲染、Sci-Hub下载、Zotfile重命名文件。

2.1. 设置笔记的Markdown渲染

• 安装插件。
• 安装完成后，在写笔记时选择 文件->Markdown转换即可实现功能。

2.2. Sci-Hub 下载论文

• 为了使用Sci-Hub下载论文，主要要做两件事情
  • 获取文件的DOI
  • 将Zotero的PDF retrieval方式设置为Sci-Hub
• 获取文件的DOI可以通过插件实现，安装即可。
  • 注意，Sci-Hub需要的是Long DOI。

• 设置Zotero PDF retrieval方式
  • 具体步骤为打开 首选项->高级->常规->设置编辑器，修改extensions.zotero.findPDFs.resolvers的内容为以下信息。
  • 注意，sci-hub 的网址后缀要根据情况进行改变，也许以后 .ren 就不可用了。
  • 更多信息可以参考下面的图。

{
    "name":"Sci-Hub",
    "method":"GET",
    "url":"https://sci-hub.ren/{doi}",
    "mode":"html",
    "selector":"#pdf",
    "attribute":"src",
    "automatic":true
}

• 具体下载的时候，先获取 long DOI，再点击右键、选择找到可用的PDF即可

2.3. 监控文件夹与文件重命名

• 即Zotfile插件的使用。
• 重命名：右键选择PDF文件 -> Manager Attachments -> Rename Attachments 即可。
• 监控文件夹：
  • 在Zotfile的配置中可以配置 Source Folder for Attaching New Files
  • 功能大概就是，添加了PDF后自动保存为Zotero item。

3. 基本使用

• 添加item、管理item、笔记、搜索

3.1. 添加item

• 注意，可以是添加论文，也可以添加其他博客。

• 在使用浏览器添加item

  • 浏览器插件会显示几类图标：journal artical/book/web page/pdfs/multi results
    • 具体的可以参考官方文档
  • 网页插件可以选择添加路径以及设置tags。

• PDF添加论文：直接将PDF拉到Zotero中，会自动解析元数据。

• Zotero软件中还可以：

  • 手动添加各种类型的item
  • 通过DOI/ISBN/arxiv ID等创建item。

3.2. item管理

• item提供了两种管理方式，分类与标签。
• 分类：可以理解为多级文件夹。同一个item可以属于多个分类。
• tags：可以理解问单级分类。
• 个人实践：
  • 分类：比如计算机视觉->视频理解->行为识别
  • 标签：比如开源、CVPR 2020。

3.3. 笔记系统

• 每个item可以对应多篇笔记。
• 经过我们的设置，笔记里可以使用markdown渲染。

3.4. 搜索

• Zotero不提供PDF全文搜索功能。
• 默认提供了三种搜索目标：

4. PaperShip 配置

4.1. 基本配置

• 登录配置，基本流程是（因为都是在ipad上，没截图）
  • 下载/打开PaperShip
  • 选择 Login with Zotero，使用Zotero帐号登录（帐号是邮箱不包括@之后，密码包括特殊符号、大小写字母、数字）
  • 授权Zotero，就是点击 Accept Defaults 按钮。
• 坚果云配置
  • 先要去坚果云官网，在zotero文件夹下创建空白文件 lastsync.txt，必须使用官方工具（如下图）
  • PaperShip进入选项Settings -> Zotero File Hosting -> WebDAV
    • 需要输入三个参数，输入好后就是分别是：
      • URL：https://dav.jianguoyun.com/dav/，不包括最后的/zotero
      • Username：邮箱
      • Password：密码，去坚果云官网查看吧
    • 

4.2. PaperShip基本使用

• 参考这里

• 主要要学的功能就是：

  • 批注
  • 同步