这部片子接续《疯狂原始人》第一部的剧情，片头做了一个短短的交代，介绍了小伙子盖儿时的经历。他很小的时候和父母生活在一起，遭逢灾难，父母被沼泽吞没，临死前告诉盖要去寻找自己的明天。之后幼小的盖踏上一个人的旅途，一天天长大，直到遇到了小伊。
然后剧情正式开始，接着上部结尾，穴居的一家人逃离地壳大灾变的所在，和小伙子盖一起前行，寻找安身之地。他们快乐的骑在大猫（蓝色大老虎）身上奔驰，盖和伊的恋情越来越甜蜜，两个人在一起开始憧憬明天。盖告诉小伊他们俩将来要过二人独立的生活，小伊高兴的答应了，盖还送给小伊一块印着两人身影的石头作为爱情信物。爸爸瓜哥偷听到小两口的谈话，想到女儿将来要离开自己，感到非常的不爽。
他们找到一处高墙围起来的美丽家园，安全又美好。里面的一家人是小伙子盖儿时认识的人，文明人叔叔菲尔、文明人阿姨hope以及他们漂亮的女儿晓晓。叔叔阿姨是盖的父母的好友，过去曾经在一处生活，女儿晓晓和盖青梅竹马。重逢让他们开心的不得了，有着说不完的话，晓晓和盖仍然像小时候一样充满了默契。小伊看到此景，皱着眉头审视晓晓，令人以为她对晓晓怀有敌意，其实她是好奇这个和自己同龄相仿的少女，当确认晓晓是个和自己一样的女孩子，小伊兴奋得不得了，晓晓也同样如此，两人开心的叽叽喳喳欢呼雀跃，瞬间成为闺蜜。
这里的条件实在太优越了，美丽的田园长满了各种各样五彩斑斓而又新鲜美味的水果，远山上的瀑布奔腾而下在这里形成了宽阔清澈的河流，穿越环绕着家园。参天的大树上建造了一间间漂亮的树屋，还可以乘坐电梯上下（滑轮机械装置，超凡的想象力） 。文明人一家过着舒适而又文明的生活。他们穿着干净整洁的衣服，踩着精巧的凉鞋，佩戴着漂亮的玉饰，用花朵做成花洒来淋浴，用天然的植物香料熏染衣物和身体。他们还饲养了家禽，可以吃到新鲜的鸡蛋，用精美的器具盛装食物和物品，甚至还有座便……等等等等。
菲尔一家热情的招待盖和瓜哥一家人，让他们随意享用这里丰盛的物产——只有一件事不行，就是不可以吃这里的香蕉。这让瓜哥既难受又想不通，他非常的想吃香蕉，而这里有那么多的香蕉，却为什么不允许吃呢？
夜晚，菲尔给每个人都安排了独自的树屋睡觉，除了瓜哥怀念一家人叠在一起睡的感觉，其他人都欢天喜地。
盖和小伊隔着窗户说了几句话，就躺倒在舒服的床上进入了甜甜的梦乡。睡着之前，他想起父母死前嘱咐他的话，让他寻找自己的明天，现在，他觉得这里就是他要寻找的明天。
文明人叔叔阿姨很喜欢盖，希望盖能和自己的女儿晓晓在一起。他们看出来盖和小伊之间的情意，打算拆散盖和小伊，撮合女儿晓晓和盖在一起。
第二天，小伊和晓晓凑在一起谈天，两个女孩天真烂漫，心无芥蒂。晓晓自小就被父母圈养在高墙内，不允许她跑到高墙外面，担心发生危险。晓晓看到伊身上一处处的疤痕，听着小伊讲述的每一道疤痕背后的历险经历，心生羡慕。小伊听了晓晓的诉说，一下子就明白了晓晓生活的本质其实就如同自己一样，只是形式不同。小伊是被爸爸关爱在山洞里，晓晓是被父母关爱在高墙内。小伊理解姐妹的苦恼，于是就带着晓晓体验自由的生活。她和晓晓骑着大猫飞跃出围墙，在外面广袤的原野上驰骋奔跑。第一次来到外面世界的晓晓开心不已。在玩耍中，晓晓被一只巨大的蜜蜂蛰穿了手掌，可她却为此感到狂喜，因为她终于像小伊一样有了伤疤。
高墙内，文明人叔叔菲尔带着瓜哥来到一处隐秘的地方洗桑拿，那里是菲尔自己的个人空间。菲尔用高温蒸得瓜哥意志薄弱讲出了自己的心声，他不希望失去女儿，他希望一家人一直生活在一起，想到女儿要和盖将来离开自己独立成家心里就受不了。菲儿借机游说瓜哥，让盖留下来而瓜哥带着女儿离开，这样瓜哥不会失去女儿，而晓晓又可以和盖在一起，大家两全其美。
另一边，晓晓的妈妈hope找到小伊的妈妈，委婉地向她表达赶她们走的意思，给了小伊妈妈一箱水果，让她带在路上吃。这让小伊的妈妈非常生气，在这之前她还以为文明人一家会收留他们在这里生活，现在却是赶他们走。健壮的小伊妈妈一气之下将一筐水果扔出高墙外，回到房间中生闷气。
和菲尔达成约定，从桑拿房回来的瓜哥洗得清清爽爽，胡须毛发都刮得干干净净，愁绪尽散满脸阳光。和老婆一谈，得知Hope赶他们走，尽管此前和菲尔已经达成了约定，他还是表现得怒气冲冲，决定在临走前干一件大事来发泄不满——去吃香蕉。
晚上，文明人夫妻准备了丰盛的晚餐招待大家。小伊、晓晓在外面玩了一天回来了，偷偷摸摸的翻墙进来。她们玩得筋疲力尽，最惨的就是大猫，趴在地上爬都爬不动了。晓晓被蜜蜂蛰过的手掌已经肿成了夸张的气球。两个女孩恰好在翻进围墙的时候碰到了盖。此时的盖已经打扮得如同菲尔和hope一样。他清早起床就用花洒洗了澡，换上了和文明人夫妻一样得体干净的衣衫，踩着精巧的凉鞋，胸前挂着精美的玉佩，连头发都是蓬松飘逸的发型，浑身散发着清新的植物香。小伊看到盖这样的打扮非常不屑。而盖发现她们从外面回来大吃一惊，得知小伊带晓晓跑到外面玩并且晓晓还被蜜蜂蛰了之后非常生气，指责伊不该带晓晓出去冒险，而晓晓的蜇伤会危及她的生命。小伊不满盖对他的指责，非常生气，两人争吵起来。情绪激动之中，盖口不择言，说小伊是个野蛮的穴居女孩。
盖的失言伤害了小伊，小伊气愤于盖说自己野蛮，于是刻意不坐升降梯，手脚并用沿着大树爬上了树屋上面。在此之前晓晓毒性发作，头晕说胡神志不清，盖已经带着晓晓坐升降梯上到树屋平台上面去了。他本想带着晓晓避开文明人叔叔阿姨，但是没有成功，两人被叫到餐桌边坐下用餐，晓晓的父母暂时还没有发现晓晓的中毒的异样。小伊从树下爬上来，带着怒气，坐在盖的身边，故意表现粗鲁，不顾礼节的吃喝，和盖斗气。
菲尔借着机会抛出话题，说是瓜哥提出他们要离开而留下盖。瓜哥此时当着老婆和女儿的面，又不敢承认是自己的意思，极力否认，把责任推给菲尔，说是菲尔引诱他做出的决定，并泄露了菲尔桑拿浴密所的秘密。hope得知菲尔居然有密所非常生气，质问菲尔。那边伊又质问盖为何嫌弃她是穴居女孩，晓晓神志不清又讲出了今天伊带她出去玩的事，又露出了肿成气球的手掌。文明人夫妻惊恐不已，大家互相指责，争吵不休，场面一片混乱。
争吵之中，瓜哥得意的告诉菲尔，自己夫妻俩已经把菲尔的香蕉全部都吃掉了。菲尔惊恐得下巴都要掉了，他不敢相信瓜哥能吃掉那么多的香蕉。瓜哥得意地拍着鼓起的肚子说野蛮的穴居人不是白叫的。
菲尔跪在储存香蕉的筐面前，看着一大筐的香蕉皮，放声大哭。瓜哥和盖站在他的身后看着，他们不明白为什么菲尔这么吝啬香蕉。菲尔告诉他们一个秘密，原来，每天夜里都有可怕的生物在外面试图冲破围墙，他丟香蕉出去，那可怕的生物就会离开。现在没有了香蕉，这可怎么办？
就在这时，撞击高墙的声音响起了，伴随着巨大的震动，三人都很惊恐。从围墙的洞口，未知的怪物把一筐香蕉皮拽了过去，当发现没有香蕉只有香蕉皮时，围墙被砸出一个大洞，露出了一只小小的蓝色红脸的铁拳猴。瓜哥笑得躺在地上打滚，挖苦菲尔说这么多年来就是怕这么一只小猴子。正在瓜哥嘲笑的时候，漫山遍野的铁拳猴出现了，它们一拥而上抓走了三人，盖在反抗的的时候掉落了鞋子。
其他人发现了围墙的洞以及三人的失踪，老奶奶让小崽儿嗅了盖留下的鞋子，准备顺着气味去找人。hope要和晓晓留下，晓晓却要跟着小伊一家一起出发去寻找人。妈妈hope放心不下只好一同前往，一堆人骑在大猫身上，跟在小崽儿后面开始追踪。
盖和瓜哥菲尔被猴子们带到山中，猴王出来审问。原来，猴子们一直生活在山上，吃着丰盛的香蕉，过着快乐的生活。山上有一个巨大的怪物不知是何方妖孽，每天夜里都会来这里问小猴子们要香蕉吃。猴子们每次都把香蕉堆放在一个巨大的石头盆中，怪物来到伸手将香蕉拿走。日子就这样过着。可是有一天开始突然山上没有水了，香蕉就不长了。没有了香蕉，怪物就一把抓走一堆小猴子吃掉。所以，这些猴子们没有办法，才到菲尔那里去要香蕉。事情的原由就是这样。
小伊她们骑着大猫跟着小崽儿顺着气味追踪，来到一条宽阔的大河面前。大河上有巨石柱铺排出的桥梁可以通行，可是一群凶恶的生物盘踞在桥梁周边虎视眈眈。hope感到害怕，想绕路而行。但小伊们还是坚持直行，大猫在她们的争执中失控，带着大伙坠入了河中。大家因此得以避开了桥梁上的凶险，可也失去了瓜哥三人的气味线索。
她们在河的对面上岸修整，对如何寻找男人们一筹莫展。老奶奶（小伊的外婆、瓜哥的岳母）让她的假发——实际是一只白毛飞鸟，一直趴在她的头上充当假发——飞出去寻找男人们的行踪。hope此时已经不堪忍受这样的冒险，她指责每一位洞穴人，说了很多难听的话。晓晓觉得妈妈不该指责她的朋友。hope情绪失控，她要离开，在往回奔跑的路上地面不断冒出冰柱攻击她。hope躲避这些冰柱慌不择路冲入一个山洞，在山洞里她被冰柱冻住。而周围出现了几只看起来十分凶恶的、六眼六腿（好像是八眼八腿）、二哈样子的毛狗，它们呲着牙向Hope围拢过来，向hope发起攻击。小伊第一时间赶到，击退了冲上来的二哈。紧接着穴居人全体赶到山洞里，摆出了他们常年采用的狩猎阵型，与二哈们对峙。僵持之时，晓晓发现了躲在她们身后的一只战战兢兢的小二哈。晓晓马上明白了过来，这些二哈并非真的对她们有敌意，只是因为担心自己的孩子落在人类那边会有危险，为了保护自己的孩子才会攻击她们。这就和人类父母对孩子的感情是一样的，为了自己孩子的安危不惜与一切为敌。晓晓于是让大家冷静，然后让小二哈跑回到大二哈们的身边。于是二哈们情绪平静了，不再有敌意。晓晓和小伊们很快就和二哈们熟悉起来，大家还成了好朋友。
夜晚来临了，因为交不出香蕉，瓜哥三人被猴子们关进了监狱。菲尔自作聪明，钻木取火，制作了火把，意图吓跑猴子们，没想到掷出去的火把不但没有吓跑猴子，反而让猴子们因此获得了火种，点燃了其他火把照亮了整个山洞。盖被猴王拴上绳子当成宠物，负责翻译。瓜哥和菲尔在洞穴中央被猴子们围着，两人开始争吵起来，此前的积怨通通爆发。两人从口角升级为拳脚相向，边打边吵，打得衣衫不整，到后来只剩下内裤。两人精疲力尽，所有心中的不满和情绪都通过语言发泄出来。最后，两人都指责对方一直以来所做的蠢事，证明对方无疑是一个蠢爸爸。当这句话二人同时说出口攻击对方后，两人都受到了一万点暴击，同时被击倒在地。在一旁目睹经过的盖此时意识到：原来语言是有力量的，语言是可以伤害人的。他开始反省自己对小伊说的话。
另一边，众人堆积柴火烧融了冰柱救出了晓晓的妈妈Hope。出去探路的白毛飞鸟发现了瓜哥们的所在，但在回来的路上不幸被闪电击中，受伤坠落。其他人这时叠睡在一起取暖休息，晓晓也在其中，但hope没有。她从冰里出来全身湿透，被冷风吹的可怜兮兮，可是她不愿意也不好意思和大家叠睡在一起。在晓晓和大家的劝说加强迫下，hope被拽进了大伙的中间。hope和女儿靠在一起，享受着温暖，思想渐渐改变起来。她自认自己是个小气的人，问大家为什么她对大伙不好，大家还要救她。小伊告诉她因为她们团结有爱是一家人，不抛弃不放弃。（大概是这个意思吧，具体怎么说的回头再看一遍）
瓜哥那边，猴子们做出决定，用香蕉皮把三个人包起来伪装成大香蕉，要献祭给怪物。三人被放进大石盆里，等着深夜怪物来取。之前争斗的两位父亲，由于已经宣泄了两个人的内心情绪，此刻冷静下来，彼此反省，相互致歉，终于化敌为友。
在女人们那边，老奶奶独自站在山洞外的石头上，黑夜之下寒风之中，表情坚毅，皱着眉头盯着天空，等候假发鸟的消息。晓晓的宠物和盖的宠物——两只长尾浣熊（好像是吧，看脸又像是树懒）——此时成了老奶奶的围脖和帽子。终于，老奶奶的假发鸟顶着一头黑烟、一脸傻笑地飞回来了。知道了男人们的下落，女人们要开始营救男人们的行动了，hope也加入了进来，老奶奶焕发出年轻时雷霆姐妹团领袖的风采，给每个人命名了霸气威武的名字，一声暴喝震落衣衫，露出三点式战甲和结实的腹肌，高举手杖大声呐喊，带着姐妹们团成员们，骑着大猫和二哈们向猴山冲去。
山上，怪物来了，它的一只大手伸进石头盆，抓起了三人，把他们扔进了自己的血盆大口里。三人终于看清了，原来怪物是一只超大的猩猩，一只手就有一个人那么大。瓜哥还想做垂死的抵抗，试图用腿蹬住猩猩的上颚不让它合拢。可是大猩猩只是稍微用力就闭上了嘴巴。此时，雷霆姐妹们来了，眼看着男人们已经被大猩猩吃进嘴里，老奶奶放出假发鸟，假发鸟直接飞入了大猩猩恶心的鼻孔中，大猩猩鼻子发痒，打了一个巨大的喷嚏，将三人从嘴里喷了出来，三人又掉回到了石头盆里。姐妹团中几个人立即发出绳索勾住石头盆，拖着盆带着里面的三人往外跑。其他成员纷纷各司其职各显身手，一边用各种方式攻击大猩猩，一边向山洞外逃跑。
混乱中，瓜哥三人解开了捆绑，从石头盆中跑出。瓜哥和菲尔已经尽释前嫌结为兄弟，强壮的瓜哥抱着干瘦的菲尔往外跑，其他人也拼命往外冲，很快大家都跑到了外面。到了山洞外却发现不见了盖和小伊。盖和小伊还在山洞里，两人在逃难中已经重归于好，此时落在后面，成为大猩猩追击的目标。伙伴们于是又返回山洞来营救二人，看到大猩猩正在攻击躲在山洞上空的盖和小伊，大家赶紧扔石头攻击大猩猩。坦克（小伊的傻胖弟弟）投出的大石砸中一根木棍，扎入了大猩猩的眼睛，激怒了大猩猩。大猩猩不顾盖和小伊，疯狂向其他人攻击，瓜哥和其他伙伴们被大猩猩逼入山洞的一个缝隙中躲藏，大猩猩在外面疯狂的攻击，众人眼看着就撑不下去了。此时，还在山洞上空、大猩猩上方一块被绳索悬吊的巨石上的盖和小伊，用两人定情物的石头共同击打出火花，点燃了绳索，烧断了巨石的悬挂，巨石掉下去砸死了大猩猩。
伙伴们胜利了，大家一起返回家园。家园现在变得更加热闹了，猴子们和二哈们也都来到了这里。经过这番历险，文明人一家和瓜哥一家结下了深厚的感情，大家幸福的生活在一起。
盖和小伊在一起了，他俩单独出去旅行，众人给二人送行时，瓜哥难过的撕心裂肺，仿佛生离死别。这时候，小崽儿突然间学会说话了，瓜哥开心的不得了。这时候，或许瓜哥心中想明白了：
孩子们终究会长大的。