Pymol教程--蛋白结合口袋结构比较(pocket alignment)

Pymol教程–蛋白结合口袋结构比较(pocket alignment)

本教程来自于 钰沐菡 https://www.bilibili.com/video/BV1zK41137VG?spm_id_from=333.999.0.0

• Step1 两个结构重叠在一起： set align 2oxr, 1yrBA
  
• Step2 pocket 展示， 选择与ligand距离5以内氨基酸残基 -> select active, byres all within 5 of sele (active 是选择的命名， sele要选的对象)
  

-Step3 展示线条： S->lines

不考虑整体结构相似的条件下

• Step1 两个结构重叠在一起： align xxx, xxx
• Step2: select active, byres all within 5 of sele (active 是选择的命名， sele要选的对象)
• Step3: 去除非极性键
  
• Step4: ligand的重叠，如下
  
  
• Step5: 点击原子，链接
  
• Step6：点解 fit 4 pairs
  
• Step7:分子结合在一起