使用MapMan分析水稻基因功能

MapMan是老牌的植物基因功能分析工具，早期是针对基因芯片数据设计，现在可以用于各种模式植物或非模式植物基因集的功能分析，并且该软件一直保持着更新。

image

完成MapMan分析，只要拿到两个文件即可完成分析：

• 差异表达基因列表

• 存储基因信息的Mappings文件（水稻可以直接下载）

- 软件安装

软件官网点击Applications -> ManMan按照下图指示即可下载：

image

选择系统对应的版本：

image

文件下载后安装指示一路确定进行安装，安装完成后打开软件，首次打开该软件会进行“Mapman数据库”的下载，可以知道数据库放置的位置。接下来耐心等待下载完成。

---

- 软件基本使用

软件的基本界面如下：

image

• Experiments：存储你的实验数据，例如差异表达基因和log2FC数值

• Pathways：各物种的通路图，不同的基因实际是按照不同的位置在预设好的展示，通过热图的形式展示上下调表达。

• ChromosomalViews：你的实验数据在染色体上的展示，没用过。

• Mappings：存储不同物种基因信息的文件。

水稻MSU7的Mappings文件可以到其官网下载：

image

可以看到，亚洲栽培稻有很多Mappings可以下载，根据差异基因格式，我们本次直接下载MSU7_v7。

image

下载后可以看到，该文件的基本格式如下，使用的格式为MSU7格式的转录本ID。

image

也可以运行以下脚本，把“.”后面的的数字去掉变成基因ID使用。

#!/usr/bin/env python
# -*- coding:utf-8 -*-
res = open("Osa_MSU_v7_use.txt", "w")
for line in open("Osa_MSU_v7.txt"):
    line = line.strip()
    loc = line.split("\t")[2]
    if loc.startswith("'loc"):
        loc = loc.split(".")[0]
        loc = loc + "'"
        res.write("\t".join(line.split("\t")[0:2]) + "\t" + loc + "\t" + "\t".join(line.split("\t")[3:]) + "\n")
    else:
        res.write(line + "\n")
res.close()

- 导入下载的Mappings文件

image

image

- 导入你的实验数据文件

image

image

双击你想要展示的通路

image

选择刚刚导入的Mappings文件：

image

得到的结果如下，圆圈内为差异表达基因。说明有3个基因在ABA metabolism过程上调表达了。

image

可以选择不同的颜色展示热图。

image

---

最后：

本文所展示为MapMan在水稻基因功能分析中最基本应该也是最常用的操作。作为为数不多的植物基因功能分析神器，感觉在发表的文章中用的并不多，它有很多隐藏功能还没有使用过，有待以后发掘。

欢迎订阅“生物育种数据分析”，获得更多有用的生物数据分析小技巧。