8-【samtools】的安装和使用

安装时间：2021.2.15

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1. 简介

    samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能。

2. 安装

利用conda一键安装

conda install samtools

问题1：通过conda install samtools下载后不能使用，报错出现samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory
解决办法：

• 方法一：输入：conda install -c bioconda samtools openssl=1.0。
• 方法二：可能是系统中python版本太高，可以用conda建立一个低版本的python独立环境然后下载samtools。

3. 基本使用

3.1 截取基因组序列

第一步：建立索引，生成后缀为.fai的文件

samtools faidx inputa.fa

第二部：提取序列到新文件中

samtools faidx inputa.fa scffold2:2568-5968 scffold3:8569-5896 > output.txt

为了知道序列的序列的名称，通常会配合seqkit一起使用