2021-03-21佛手瓜2

1) 内容区（讲的啥）：

1、基因测序、组装和评价
得到的608.17Mb的基因组序列，有356个contigs，GC含量是38.71%。

关于测序深度的计算:
测序深度Sequencing Depth，测序得到的碱基]总量（bp）与基因组大小（Genome）的比值，它是评价测序量的指标之一。测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。
测序深度=数据量大小/参考基因组大小，数据量大小=reads长度*reads个数
尝试计算一下我自己的数据，很多命令不用都忘了，要重新捡起来：
less查看fq文件（q退出），wc -l fq文件（统计由多少行），

2、染色体水平的组装
通过Hi-C装配和人工调节，最终将606.42 Mb的基因组序列锚定在14条染色体上，占全部基因组序列的97.04%
3、基因组注释分析
通过基因组数据库分析和结构预测，共鉴定出401.08 Mb的重复序列，占全基因组的65.94%。共检测到28237个蛋白编码基因。共发现1085个假基因。我们从832个单拷贝蛋白序列构建了进化树(图4C)，发现S. edule和T. anguina (snake gourd)蛇瓜的进化关系最密切(27-45 Mya)，估计在29-55 Mya从丝瓜中分离出来。

2）感悟区（怎么样）：

佛手瓜chayote（Sechium edule）块茎也可食用。在治疗高血压、糖尿病、炎症方面有潜力。
基因组序列为研究作物进化、遗传变异和性状改良提供了资源。
比较基因组学分析发现， 佛手瓜跟蛇瓜最接近。（蛇瓜也是一种蔬菜）

3）行动去（对我有什么借鉴）：

下次再也不将重要的文献阅读留到最后，领读老师说这篇文章相对比较简单，但我都因为太晚没精力看。明天一早就开始