用VSCode Jupyter 学习Scanpy ——环境准备

我用的python 编译工具为 vscode，不会用留言，教大家用，哈哈
学习Scanpy , 先给它配个虚拟环境吧
vitrualenv sc_learnp

创建虚拟环境

启动虚拟环境

在虚拟环境下安装所需要的python 包
直接
pip install pandas
pip install sc
pip install scanpy
pandas 的依赖包 Numpy 装 1.19.3， 要不然报错 ,安装pandas 时自动安装最新，运行报错的话需要卸掉 再重装
pip uninstall numpy
pip install numpy==1.19.3

Numpy 1.19.3 版本

创建学习目录和下载学习数据吧，参考 官网
https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html

学习需要看图，在vscode 上用 Jupyter 哦，方便交互看图学习
按 ctrl+ shif + ｐ　，选择create New Blank Jupyter Notebook

新建jupyter　ｎｏｔｅｂｏｏｋ

新建的ｊｕｐｙｔｅｒ　一定要切换成虚拟环境下的　ｐｙｔｈｏｎ哦　

Ｊｕｐｙｔｅｒ　的python切换

选择刚才我们新建的虚拟环境

Ｊｕｐｙｔｅｒ　切换到虚拟环境的ｐｙｈｏｎ

如果没有发现我们刚才新建的虚拟环境，不要慌，我们可以设置哈
到ｖｓ　ｃｏｄｅ　中选择ｓｅｔｔｉｎｇ，

设置　ｓｅｔｔｉｎｇ　

输入　ｊｓｏｎ

搜索

点击　ｓｅｔｔｉｎｇｓ．ｊｓｏｎ

修改ｓｅｔｔｉｎｇ

把画框的红色路径修改为刚才新建的虚拟路径保存重启后，新建ｊｕｐｙｔｅｒ　，再点击Ｊｕｐｙｔｅｒ的python切换，就可以看到我们新建的虚拟环境的ｐｙｔｈｏｎ　路径了，选择它哦，ｖｓｃｏｄｅ会提示还需要装　ｉｐｙｋｅｒｎｅｌ　，
pip install ipykernel
就行

安装ipykernel

然后测试环境是否成功，运行成功，学习环境就准备好了哈

运行

开始学习的学习环境文件要准备好

新建文件