python包 —rdkit 安装

rdkit安装

参考 http://www.rdkit.org/docs/Install.html
https://blog.csdn.net/chichoxian/article/details/86484292

（1）下载：https://sourceforge.net/projects/rdkit/
适合的版本python2.7
解压到D:/
（2）设置环境变量：
新建系统变量
RDBASE： D:\RDKit_2015_09_2
在系统变量PYTHONPATH中最后加上 ;%RDBASE%
在path中添加 ;%RDBASE%\lib
（3）测试 import rdkit

// '''测试代码原文：https://blog.csdn.net/chichoxian/article/details/86484292   '''
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
smi = 'CCCc1nn(C)c2C(=O)NC(=Nc12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(C)CC4'
m = Chem.MolFromSmiles(smi)
Draw.MolToImageFile(m,"mol.jpg")
报错：ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。
之前没发现，下载的rdkit是用于python2的

python3 :借助anaconda安装
http://www.rdkit.org/docs/index.html
部分功能报错，未解决！
2019-5-17更新
在anaconda的Anaconda Prompt 安装
安装在虚拟环境下my-rdkit-env
conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
一般出错都是由于网络问题，失败就重新安装
注意！！我之前出错后只删除my-rdkit-env文件夹，然后即使显示安装成功了也不能用。正确做法是在anaconda的安装路径中搜索rdkit，将所有相关文件全部删除，然后重新安装。

使用前激活环境

conda activate my-rdkit-env