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HIC测序数据生信分析——第四节，软件Juicerbox中进行手工修正，再使用3D-DNA软件拿到最终结果

HIC测序数据生信分析——第四节，软件Juicerbox中进行手工修正，再使用3D-DNA软件拿到最终结果

  • 这一篇文章，仅针对使用3D-DNA挂载HIC的结果分析
    • 安装juicebox
    • 再次使用3D-DNA

这一篇文章，仅针对使用3D-DNA挂载HIC的结果分析

#结果文件.hic和.assembly是可以手动修改的，使用juicebox软件。手动修改后，再使用3D-DNA软件进行最终基因组序列的获得。

安装juicebox

官网：https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Download
可安装windows版本
学习视频：B站上，官网上都有
输入3D-DNA软件的结果文件.hic和.assembly，修改后输出文件是新的.assembly文件

再次使用3D-DNA

/home/ubuntu/3d-dna/run-asm-pipeline-post-review.sh -r genome.review.assembly genome.fa aligned/merged_nodups.txt
拿到最终染色体序列文件

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