RAxML建最大似然树教程（Linux）

RAxML最新的帮助手册下载网址：

https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf?msclkid=5839f37ecd3311ecb803b0da71760484

教程网站：

https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/hands_on.html

RAxML的安装参考上面的教程，或者使用conda安装：

conda install -c bioconda raxml

要查看是否成功安装上：

which raxmlHPC

常用命令：

raxmlHPC -PTHREADS-AVX2 -f a -x 123456 -p 123456 -q .txt -s .fasta -m GTRGAMMA  -N 1000 -n output  -k

raxmlHPC -h

#查看帮助命令

-f a 

# it allows you to select what kind of aglorithm RAxML shall execute.此参数用于选择RAxML运算的算法，a表示执行快速Bootstrap分析并搜索最佳得分的ML树

-x 12345

# rapidBootstrap random number seed 指定一个int数作为随机种子，以启用快速Bootstrap算法

-p 12345

#指定一个随机数作为parsimony inferences 的种子

-# 1000 或 -N 1000

#number of runs 指定bootstrap的次数

-m GTRGAMMA

#substitutionmodel 指定核苷酸替代模型，PORT表示氨基酸替代模型，GTR表示碱基替代模型， GAMMA表示使用GAMMA模型

-s input.phy

#sequencefile name指定输入文件，.phy格式的多序列比对文件。也可以用.fasta文件，软件包中包含一个程序来将fasta格式转换为.phy格式

-n

#outputfile name 输出文件

-T 30

#指定多线程运行的CPUs

-q

#multiplemodelparafile指定partitionfinder文件

-k

# specifies that bootstrapped trees should be printed with branch length.default:OFF

结果文件：

RAxML_bipartitions.ex